Ini adalah aplikasi Linux bernama MCPerm: permutasi SNP Monte Carlo yang rilis terbarunya dapat diunduh sebagai MCPerm_1.1.2.tar.gz. Ini dapat dijalankan secara online di penyedia hosting gratis OnWorks untuk workstation.
Unduh dan jalankan aplikasi ini secara online bernama MCPerm: permutasi SNP Monte Carlo dengan OnWorks secara gratis.
Ikuti petunjuk ini untuk menjalankan aplikasi ini:
- 1. Download aplikasi ini di PC Anda.
- 2. Masuk ke file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan username yang anda inginkan.
- 3. Upload aplikasi ini di filemanager tersebut.
- 4. Jalankan emulator online OnWorks Linux atau Windows online atau emulator online MACOS dari situs web ini.
- 5. Dari OS Linux OnWorks yang baru saja Anda mulai, buka file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang Anda inginkan.
- 6. Download aplikasinya, install dan jalankan.
MCPerm: Permutasi SNP Monte Carlo
Ad
DESKRIPSI
MCPerm: Metode permutasi Monte Carlo untuk korelasi uji berganda dalam studi asosiasi kasus-kontrol
Uji permutasi tradisional (TradPerm) adalah metode analisis non-parametrik penting yang dapat diperlakukan sebagai standar emas untuk beberapa koreksi pengujian dalam studi asosiasi kasus-kontrol. Namun, ini bergantung pada data genotipe dan fenotipe polimorfisme nukleotida tunggal (SNP) asli untuk melakukan sejumlah besar pengacakan acak, dan karenanya intensif secara komputasi, terutama untuk studi asosiasi genome-wide (GWAS). Untuk meningkatkan kecepatan kalkulasi tanpa mengubah ukuran nilai p TradPerm, kami mengembangkan metode permutasi Monte Carlo (MCPerm) sebagai alternatif yang efisien untuk TradPerm.
Metode: MCPerm tidak perlu mengacak data genotipe dan fenotipe asli. Ini menggunakan metode Monte Carlo, menggunakan distribusi hipergeometrik dua langkah untuk menghasilkan jumlah acak genotipe (AA, Aa dan aa) dalam kasus dan kontrol.
Bahasa Pemrograman
S / R
KATEGORI
Ini adalah aplikasi yang juga dapat diambil dari https://sourceforge.net/projects/mcperm/. Ini telah di-host di OnWorks untuk dijalankan secara online dengan cara termudah dari salah satu Sistem Operasi gratis kami.
