Ini adalah aplikasi Linux bernama PASHA: Parallelized Short Read Assembly yang rilis terbarunya dapat diunduh sebagai Pasha-1.0.10.tar.bz2. Ini dapat dijalankan secara online di penyedia hosting gratis OnWorks untuk workstation.
Unduh dan jalankan aplikasi ini secara online bernama PASHA: Parallelized Short Read Assembly dengan OnWorks secara gratis.
Ikuti petunjuk ini untuk menjalankan aplikasi ini:
- 1. Download aplikasi ini di PC Anda.
- 2. Masuk ke file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan username yang anda inginkan.
- 3. Upload aplikasi ini di filemanager tersebut.
- 4. Jalankan emulator online OnWorks Linux atau Windows online atau emulator online MACOS dari situs web ini.
- 5. Dari OS Linux OnWorks yang baru saja Anda mulai, buka file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang Anda inginkan.
- 6. Download aplikasinya, install dan jalankan.
PASHA: Majelis Baca Pendek Paralel
Ad
DESKRIPSI
PASHA adalah assembler baca pendek paralel untuk genom besar menggunakan grafik de Bruijn. Mengambil keuntungan dari CPU multi-core memori bersama dan cluster komputasi memori terdistribusi, PASHA telah menunjukkan potensinya untuk melakukan perakitan genom besar de-novo berkualitas tinggi dalam waktu yang wajar dengan sumber daya komputasi sederhana. Evaluasi kami menggunakan tiga set data kecil berpasangan-ujung menunjukkan bahwa PASHA mampu menghasilkan rakitan yang lebih baik dengan cakupan genom yang sebanding dan tingkat kesalahan perakitan dibandingkan dengan tiga perakit terkemuka: Velvet, ABySS, dan SOAPdenovo. Selain itu, PASHA mencapai kecepatan tercepat untuk ketiga set data pada satu CPU. Untuk genom manusia, PASHA mencapai kualitas perakitan yang kompetitif dengan ABySS dan mampu menyelesaikan perakitan dalam waktu sekitar 21 jam, yaitu sekitar 2.38× lebih cepat daripada ABySS pada konfigurasi perangkat keras yang sama.
User interface
Konsol/Terminal
Bahasa Pemrograman
C + +
Kategori
Ini adalah aplikasi yang juga dapat diambil dari https://sourceforge.net/projects/pasha/. Ini telah di-host di OnWorks untuk dijalankan secara online dengan cara termudah dari salah satu Sistem Operasi gratis kami.
