Ini adalah aplikasi Linux bernama sRNAWorkbench yang rilis terbarunya dapat diunduh sebagai UEA_Workbench_4.7_update.zip. Ini dapat dijalankan secara online di penyedia hosting gratis OnWorks untuk workstation.
Unduh dan jalankan aplikasi ini secara online bernama sRNAWorkbench dengan OnWorks secara gratis.
Ikuti petunjuk ini untuk menjalankan aplikasi ini:
- 1. Download aplikasi ini di PC Anda.
- 2. Masuk ke file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan username yang anda inginkan.
- 3. Upload aplikasi ini di filemanager tersebut.
- 4. Jalankan emulator online OnWorks Linux atau Windows online atau emulator online MACOS dari situs web ini.
- 5. Dari OS Linux OnWorks yang baru saja Anda mulai, buka file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang Anda inginkan.
- 6. Download aplikasinya, install dan jalankan.
Tangkapan layar
Ad
sRNAMeja Kerja
DESKRIPSI
Serangkaian alat untuk menganalisis data RNA kecil (sRNA) dari perangkat Next Generation Sequencing. Termasuk profil ekspresi mirco RNA (miRNA) yang dikenal, identifikasi miRNA baru dalam data sekuensing dalam dan identifikasi landmark menarik lainnya dalam data genetik throughput tinggi
Fitur
- Adapter Remover: menghapus fragmen adaptor dari data urutan baca pendek mentah dan mengeluarkan data ke format FASTA.
- Filter: menghasilkan versi yang difilter dari kumpulan data sRNA, dikendalikan oleh beberapa kriteria yang ditentukan pengguna, termasuk panjang urutan, kelimpahan, kompleksitas, transfer, dan penghapusan RNA ribosom.
- miRCat2 (Kategorisasi miRNA): memprediksi miRNA matang dan prekursornya dari set data sRNA dan genom.
- SiLoCo (Short interfering RNA Locus Comparison): membandingkan tingkat ekspresi sRNA dalam beberapa sampel dengan mengelompokkan sRNA ke dalam lokus berdasarkan lokasi genomik
- ta-siRNA (trans-acting short interfering RNA): prediksi ta-siRNA bertahap dalam set data sRNA tanaman.
- miRProf (miRNA Profiler): menentukan tingkat ekspresi sRNA yang dinormalisasi yang cocok dengan miRNA yang diketahui di miRBase.
- Anotasi Jepit Rambut: menghasilkan struktur sekunder dari urutan RNA dan menyoroti wilayah yang diinginkan menggunakan RNAplot
- VisSR (Visualisasi sRNA): menghasilkan representasi visual sRNA dan fitur genom yang diimpor pengguna.
- PAREsnip2: Identifikasi target miRNA yang dibuktikan melalui degradome
Para penonton
Sains/Penelitian
User interface
Ayunan Jawa
Bahasa Pemrograman
C++, Jawa
KATEGORI
Ini adalah aplikasi yang juga dapat diambil dari https://sourceforge.net/projects/srnaworkbench/. Ini telah di-host di OnWorks untuk dijalankan secara online dengan cara termudah dari salah satu Sistem Operasi gratis kami.
