Questo è il comando abacas che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
abacas - Contiguazione automatica basata su algoritmi di sequenze assemblate
SINOSSI
abaca -r ref -q qs -p prog [Opzioni]
OR
abaca -r ref -q PSF -e
ref sequenza di riferimento in un unico file fasta
qs contigs in formato multi-fasta
rog Programma MUMmer da usare: 'nucmer' o 'promer'
PSF pseudomolecola/file di sequenza ordinata in formato fasta
VERSIONI
-h utilizzo della stampa
-d usa i parametri nummer/promer predefiniti
-s int lunghezza minima della parola corrispondente esatta (numero predefinito = 12, predefinito promer
4 =)
-m stampa contig ordinati su file in formato multifasta
-b stampa contigs in bin su file
-N stampa una pseudomolecola senza "N"s
-i int percentuale minima identità [predefinito 40]
-v int copertura minima contig [predefinito 40]
-V int differenza di copertura minima contig [predefinito 1]
-l int lunghezza minima contig [predefinito 1]
-t esegui tblastx su contigs che non sono mappati
-g stringa (nome del file) stampa le regioni scoperte (spazi) in riferimento al nome del file
-a aggiungi contigs in bin alla pseudomolecola
-o i file di output del prefisso avranno questo prefisso
-P scegli i set di primer per chiudere gli spazi vuoti
-f int numero di basi fiancheggianti su entrambi i lati di uno spazio per il disegno del primer (predefinito
350)
-R int Esegui mummer [predefinito 1, usa -R 0 per evitare di correre mummer]
-e Esci dall'ordine contig, ad esempio vai al disegno del primer
-c La sequenza di riferimento è circolare
DESCRIZIONE
ABACAS ha lo scopo di contiguare rapidamente (allineare, ordinare, orientare), visualizzare e progettare
primer per chiudere gli spazi sui contig assemblati con il fucile da caccia in base a una sequenza di riferimento.
ABACAS utilizza MUMmer per trovare posizioni di allineamento e identificare sintenie di contig assemblati
contro il riferimento. L'output viene quindi elaborato per generare una pseudomolecola presa
contigs sovrapposti e lacune in considerazione. ABACAS genera un file di confronto che può
essere utilizzato per visualizzare contig ordinati e orientati in ACT. Synteny è rappresentato da red
barre in cui l'intensità del colore diminuisce con valori inferiori di identità percentuale tra
blocchi comparabili. Informazioni su contig come orientamento, identità percentuale,
la copertura e la sovrapposizione con altri contig possono essere visualizzate anche caricando l'output
file di funzionalità su ACT.
Utilizzare abacas online utilizzando i servizi onworks.net
