alien_hunter - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

alien_hunter - Motivi di ordine variabile interpolato per l'identificazione di orizzontalmente
DNA acquisito

SINOSSI

cacciatore_alieni [Opzioni]

DESCRIZIONE

Alien_hunter è un'applicazione per la previsione del presunto trasferimento genico orizzontale
(HGT) con l'implementazione di Interpolated Variable Order Motifs (IVOM). Un
L'approccio IVOM sfrutta i pregiudizi compositivi utilizzando distribuzioni di motivi di ordine variabile e
cattura in modo più affidabile la composizione locale di una sequenza rispetto all'ordine fisso
metodi. Facoltativamente, le previsioni possono essere analizzate in un secondo ordine a 2 stati Hidden Markov
Modello (HMM), in un framework di rilevamento del punto di cambiamento, per ottimizzare la localizzazione del
confini delle regioni previste. Le previsioni (formato embl) possono essere automaticamente
caricato nel visualizzatore del genoma di Artemis disponibile gratuitamente su:
http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.

INPUT: sequenza genomica grezza PREDIZIONE: regioni HGT basate sull'ordine delle variabili interpolate
Motivi (IVOM) argomenti:


sequenza genomica grezza


nome file per i dati di output

Argomenti facoltativi:

-a per caricare il file di previsione in Artemis

-c ottimizza i confini previsti con un rilevamento del punto di cambiamento 2 stato 2nd order HMM

File di output:


previsioni (file tab) in formato embl

.optare
previsioni ottimizzate (HMM) (file tab) in formato embl

.complotto
previsioni in formato Artemis User Plot da caricare manualmente tramite Grafico -> Aggiungi
Grafico utente...

.opt.trama
previsioni ottimizzate (HMM) in formato Artemis User Plot da caricare manualmente utilizzando
Grafico -> Aggiungi grafico utente...

.sco
i punteggi su tutte le finestre scorrevoli - per il controllo della distribuzione dei punteggi

Nota: le previsioni che si sovrappongono con l'operone rRNA sono menzionate nel qualificatore della nota

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