Questo è il comando andi che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici postazioni di lavoro online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
andi - stima la distanza evolutiva
SINOSSI
andi [-jlv] [-b INT] [-p FLOAT] [-m MODELLO] [-t INT] FILE...
DESCRIZIONE
andi stima la distanza evolutiva tra genomi strettamente correlati. Per questo andi
legge le sequenze di input da VELOCE file e calcola la distanza di ancoraggio a coppie. Il
L'idea alla base di questo è spiegata in un articolo di Haubold et al. (vedi sotto).
USCITA
L'uscita è una matrice di distanza simmetrica in FILIPPO formato, con ogni voce che rappresenta
divergenza con un numero reale positivo. Una distanza zero significa che due sequenze sono
identici, mentre altri valori sono stime per il tasso di sostituzione nucleotidica (Jukes-
Cantore corretto). Per motivi tecnici il confronto potrebbe non riuscire e nessuna stima può essere
calcolato. In tali casi nan è stampato. Questo significa che le sequenze di input erano
troppo breve (<200bp) o troppo diverso (K>0.5) perché il nostro metodo funzioni correttamente.
VERSIONI
-B, --bootstrap
Calcola più matrici di distanza, con n-1 bootstrap dal primo. Vedi il
paper Klötzl & Haubold (2016, in review) per una spiegazione dettagliata.
-j, --aderire
Usa questa modalità se ognuno dei tuoi VELOCE file rappresenta un assembly con numerosi
contig. andi tratterà quindi tutte le sequenze contenute per file come una singola
genoma. In questa modalità deve essere fornito almeno un nome di file tramite riga di comando
argomenti. Per l'output il nome del file viene utilizzato per identificare ogni sequenza.
-l, --poca memoria
In modalità multithread, andi richiede memoria lineare alla quantità di thread. Il
la modalità di memoria ridotta lo trasforma in una richiesta costante indipendente dal numero utilizzato
di fili. Sfortunatamente, questo ha un costo di runtime significativo.
-m, --modello
Sono supportati diversi modelli di evoluzione dei nucleotidi. Di default il Jukes-Cantor
viene utilizzata la correzione.
-p
Significato di una coppia di ancoraggi; predefinito: 0.05.
-t
Il numero di thread da utilizzare; per impostazione predefinita, vengono utilizzati tutti i processori disponibili.
Il multithreading è disponibile solo se andi è stato compilato con il supporto OpenMP.
-v, --verboso
Stampa informazioni aggiuntive. Applicare più volte per maggiore prolissità.
-h, --Aiuto
Stampa la sinossi e una spiegazione delle opzioni disponibili.
--versione
Emette informazioni sulla versione e riconoscimenti.
COPYRIGHT
Copyright © 2014, 2015 Fabian Klötzl Licenza GPLv3+: GNU GPL versione 3 o successiva.
Questo è un software gratuito: sei libero di modificarlo e ridistribuirlo. NON C'E' GARANZIA,
nella misura consentita dalla legge. Il testo completo della licenza è disponibile su
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
RINGRAZIAMENTI
1) andi: Haubold, B. Klötzl, F. e Pfaffelhuber, P. (2015). andi: Veloce e preciso
stima delle distanze evolutive tra genomi strettamente correlati
2) Algoritmi: Ohlebusch, E. (2013). Algoritmi di bioinformatica. Analisi di sequenza, genoma
Riarrangiamenti e ricostruzione filogenetica. pp 118f.
3) Costruzione SA: Mori, Y. (2005). Breve descrizione del suffisso a due stadi migliorato
algoritmo di ordinamento. http://homepage3.nifty.com/wpage/software/itssort.txt
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