Questo è il comando autodocktools che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
adt - AutoDockTools, un front-end grafico per AutoDock
SINOSSI
corriAdt [Opzioni]
DESCRIZIONE
Questa pagina di manuale è una traduzione quasi letterale dell'output fornito da corriAdt -h
comando.
VERSIONI
Di seguito è riportato un riepilogo delle opzioni. Per una descrizione completa, fare riferimento al
tutorial e documentazione disponibile online.
-H, --Aiuto
Mostra il riepilogo delle opzioni.
-a or --ancora
riprodurre il file dell'ultimo log
--overwriteLog
sovrascrivi il file di registro
--uniqueLog
creare un file di registro con un nome univoco
--noLog
disattiva la registrazione
--noSplash
disattiva la schermata iniziale
--morire non avviare il ciclo di eventi della GUI
--personalizzatore filetto
eseguire il file specificato dall'utente
--lib nome del pacchetto
aggiungi una libreria di comandi
-v r, --visione eseguire il
eseguire reti di visione sulla riga di comando
-v o, --visione una volta
eseguire reti di visione ed uscire da ADT
-d or --dmode modalità di
specificare una modalità di visualizzazione
le modalità possono essere una combinazione di modalità di visualizzazione
'cpk': cpk
'linee': linee
'ss': nastro della struttura secondaria
'sb': bastoncini e palline
'lic': liquirizia
'ms': superficie molecolare
'ca': traccia C-alfa
'bt': traccia dorsale
'sp' : CA-spline
'sssb' : struttura secondaria per proteine, bastoncini e palline per
altri residui con linee di legame per altri residui senza legami
-c or --cmode modalità di
specificare uno schema di colori per la modalità di visualizzazione:
'ca': colore per atomo
'cr' : colore per residuo (schema RASMOL)
'cc': colore per catena
'cm': colore per molecola
'cdg': colora usando lo schema di David Goodsell
'cs': residui di colore usando lo schema Shapely
'css': colore per elemento della struttura secondaria
ESEMPIO:
mostra proteine come nastro, non proteine come bastoncini e palline e colora per tipo di atomo
adt -i --dmode sssb --cmode cr mioprot.pdb
adt -i -m sssb -c cr mioprot.pdb
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