palline - Online nel Cloud

PROGRAMMA:

NOME

sfere - preprocessore per modelli che riempiono lo spazio nel pacchetto di grafica molecolare Raster3D

SINOSSI

palle [-h]

Balls legge un file che descrive i colori degli atomi e/o un file di coordinate PDB e produce a
file contenente i record del descrittore Raster3D per ciascun atomo nel file di input. Il file
prodotto da palle possono essere alimentati direttamente a cedere oppure può essere combinato con il descrittore
file prodotti da altre utilità Raster3D.

ESEMPI

Per descrivere un semplice modello di riempimento dello spazio colorato per tipo di residuo:

cat mycolours.pdb protein.pdb | palle | render > miaimmagine.png

Per includere una matrice di viste preselezionata con lo stesso modello:

cp view1.matrix setup.matrix
cat mycolours.pdb protein.pdb | palle | render > miaimmagine.png

Per anteporre i record di intestazione che descrivono una scala e una vista preselezionate:

cat mycolours.pdb protein.pdb | palline -h > palline.r3d
gatto header.r3d balls.r3d | render > miaimmagine.png

VERSIONI

-h

Elimina i record di intestazione nell'output. Per impostazione predefinita palle produrrà un file di output che
inizia con i record di intestazione contenenti un set predefinito di opzioni di ridimensionamento e elaborazione.
I -h flag sopprimerà questi record di intestazione in modo che il file di output contenga solo
descrittori di sfera. Questa opzione è utile per produrre file che descrivono solo una parte di
una scena, e che devono essere successivamente combinati con file descrittori prodotti da altri
programmi.

DESCRIZIONE

L'ingresso a palle consiste in un singolo file di testo contenente informazioni sul colore e atomico
coordinate in formato PDB banca dati. Le coordinate vengono emesse come descrittore Raster3D
record con colori e raggi sfera assegnati secondo i record COLO descritti
sotto. Per impostazione predefinita, agli atomi vengono assegnati i colori CPK. Per impostazione predefinita il file di output contiene a
set di record di intestazione come richiesto dal cedere programma. L'intestazione è costruita per
includere una matrice TMAT corrispondente alla matrice di trasformazione contenuta nel file
configurazione.matrice (se esiste), o agli angoli euleriani contenuti in file angoli.di.impostazione (Se
esiste).

I colori vengono assegnati agli atomi utilizzando un processo di corrispondenza, utilizzando i record COLOR anteposti a
il file PDB di input. Raster3D utilizza un tipo di record pseudo-PDB con con COLO nei primi 4
colonne:

colonne

1 - 4 COLORI

7 - 30 Maschera (descritta di seguito)

31 - 38 Componente rosso

39 - 46 Componente verde

47 - 54 Componente blu

raggio di 55 - 60 van der Waals ad Angstroms

61 - 80 Commenti

Nota che i componenti Rosso, Verde e Blu sono nelle stesse posizioni di X, Y e Z
componenti di un record ATOM o HETA e il raggio di van der Waals va al posto di
Occupazione. I componenti Rosso, Verde e Blu devono essere tutti nell'intervallo da 0 a 1.

Il campo Maschera viene utilizzato nel processo di corrispondenza come segue. Prima il programma legge in e
memorizza tutti i record ATOM, HETA e COLOR nell'ordine di input. Poi passa attraverso ciascuno
memorizzato a turno il record ATOM/HETA e cerca un record COLOR che corrisponda al
Record ATOM/HETA in tutte le colonne da 7 a 30. Il primo record di questo tipo a essere trovato
determina il colore e il raggio dell'atomo.

Affinché un record COLORE possa fornire specifiche di colore e raggio per più di
un atomo (ad esempio, in base al residuo o al tipo di atomo, o qualsiasi altro criterio per il quale le etichette possono
da qualche parte nelle colonne da 7 a 30), il simbolo "#" viene utilizzato come carattere jolly. cioè un
# in un record COLOR corrisponde a qualsiasi carattere nella colonna corrispondente in un ATOM o HETA
disco. Tutti gli altri caratteri devono corrispondere letteralmente per essere considerati una corrispondenza. Nota che il
l'ultimo record COLO nell'input dovrebbe avere simboli # in tutte le colonne da 7 a 30 pollici
per fornire un colore per qualsiasi atomo il cui record ATOM/HETA non corrisponde a nessun precedente
Registro COLORE. Questa idea di abbinare le maschere per le specifiche del colore è dovuta a Colin
Portato avanti.

Diversi file di record COLOR, incluso uno basato su "Shapely Models" di Bob Fletterick
e un altro che imita le parti del modello CPK, sono forniti come campioni.

AMBIENTE

I file setup.matrix e setup.angles, se esistono, influiscono sul
record di intestazione prodotti da palle.

FONTE

anonimo FTP sito:
ftp.bmsc.washington.edu

sito web URL:
http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html

contattare:
Ethan A Merritt
Università di Washington, Seattle WA 98195
[email protected]

Usa le palle online usando i servizi onworks.net