Questo è il comando bamtools che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
bamtools - toolkit per la manipolazione dei file BAM (allineamento del genoma)
SINOSSI
bacchette [--help] COMANDO [ARGS]
DESCRIZIONE
BamTools facilita l'analisi della ricerca e la gestione dei dati utilizzando i file BAM. Si affronta
l'enorme quantità di dati prodotta dalle attuali tecnologie di sequenziamento che è tipicamente
memorizzati in formati binari compressi che non sono facilmente gestibili dai parser basati su testo
comunemente usato nella ricerca bioinformatica.
VERSIONI
convertire
Converte tra BAM e una serie di altri formati
count Stampa il numero di allineamenti nei file BAM
copertura
Stampa le statistiche di copertura dal file BAM di input
filter Filtra i file BAM in base ai criteri specificati dall'utente
header Stampa le informazioni di intestazione BAM
index Genera l'indice per il file BAM
unisci Unisci più file BAM in un unico file
random Seleziona allineamenti casuali da file BAM esistenti, intesi più come test
strumento.
risolvere
Risolve le letture paired-end (contrassegnando il flag IsProperPair secondo necessità)
revert Rimuove i segni duplicati e ripristina le qualità di base originali
sort Ordina il file BAM secondo alcuni criteri
split Divide un file BAM su una proprietà specificata dall'utente, creando un nuovo file di output BAM per
ogni valore trovato
stats Stampa alcune statistiche di base dai file BAM di input
Vedere 'bamtools help COMMAND' per maggiori informazioni su un comando specifico.
Usa bamtools online utilizzando i servizi onworks.net
