Questo è il comando bio-rainbow che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
rainbow - pagina di manuale per rainbow 2.0.4 --[email protected], [email protected]>
SINOSSI
arcobaleno [Opzioni]
DESCRIZIONE
arcobaleno 2.0.4 -- <[email protected], [email protected]>
gruppo
Formato file di input: file fasta/fastq accoppiati Formato file di output:
\T \T \T
-1 Inserisci file fasta/fastq, supporta più '-1'
-2 Inserisci file fasta/fastq, supporta più '-2' [null]
-l
Lunghezza di lettura, impostazione predefinita: 0 variabile
-m
Disallineamenti massimi [4]
-e
Soglia esattamente corrispondente [2000]
-L Basso livello di polimorfismo
div
Formato file di input: \T \T \T Produzione
Formato file:
\T \T \T [\T ]
-i File di input [stdin]
-o File di output [stdout]
-k
K_allele, varianti minime per creare un nuovo gruppo [2]
-K
K_allele, divide indipendentemente dalla frequenza quando il numero di varianti supera questo valore
,
-f
Frequenza, frequenza minima variante per creare un nuovo gruppo [0.2]
unire
Formato file di input:
\T \T \T [\T ]
-i File di output di input rbasm [stdin]
-a assemblaggio di uscita
-o File di output per contigs uniti, una riga per cluster [stdout]
-N
Numero massimo di cluster divisi da unire [300]
-l
Sovrapposizione minima quando si assemblano due letture (valido solo quando '-a' è aperto) [5]
-f
Frazione minima di somiglianza durante l'assemblaggio (valido solo quando '-a' è aperto)
,
-r
Numero minimo di letture da assemblare (valido solo quando '-a' è aperto) [5]
-R
Numero massimo di letture da assemblare (valido solo quando '-a' è aperto) [300]
Uso: arcobaleno [opzioni]
gruppo
Formato file di input: file fasta/fastq accoppiati Formato file di output:
\T \T \T
-1 Inserisci file fasta/fastq, supporta più '-1'
-2 Inserisci file fasta/fastq, supporta più '-2' [null]
-l
Lunghezza di lettura, impostazione predefinita: 0 variabile
-m
Disallineamenti massimi [4]
-e
Soglia esattamente corrispondente [2000]
-L Basso livello di polimorfismo
div
Formato file di input: \T \T \T Produzione
Formato file:
\T \T \T [\T ]
-i File di input [stdin]
-o File di output [stdout]
-k
K_allele, varianti minime per creare un nuovo gruppo [2]
-K
K_allele, divide indipendentemente dalla frequenza quando il numero di varianti supera questo valore
,
-f
Frequenza, frequenza minima variante per creare un nuovo gruppo [0.2]
unire
Formato file di input:
\T \T \T [\T ]
-i File di output di input rbasm [stdin]
-a assemblaggio di uscita
-o File di output per contigs uniti, una riga per cluster [stdout]
-N
Numero massimo di cluster divisi da unire [300]
-l
Sovrapposizione minima quando si assemblano due letture (valido solo quando '-a' è aperto) [5]
-f
Frazione minima di somiglianza durante l'assemblaggio (valido solo quando '-a' è aperto)
,
-r
Numero minimo di letture da assemblare (valido solo quando '-a' è aperto) [5]
-R
Numero massimo di letture da assemblare (valido solo quando '-a' è aperto) [300]
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