Questo è il comando bowtie-build che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
bowtie-build - creazione di un indice dello spazio colore per papillon
SINOSSI
costruzione del papillon [Opzioni]*
DESCRIZIONE
riferimento_in
elenco separato da virgole di file con sequenze di riferimento
ebwt_outfile_base
scrivi i dati Ebwt su file con questa directory/basename
VERSIONI
-f i file di riferimento sono Fasta (predefinito)
-c sequenze di riferimento fornite sulla riga cmd (as )
--indice-grande
l'indice generato dalla forza deve essere "grande", anche se ref ha meno di 4 miliardi
nucleotidi
-C/--colore
costruire un indice dello spazio colore
-a//-noauto
disabilita automatico -p//-bmax/--dcv memory-fitting
-p/--confezionato
utilizzare stringhe impacchettate internamente; più lento, usa meno mem
--bmax
max bucket sz per il generatore di array di suffissi a blocchi
--bmaxdivn
max bucket sz come divisore di ref len (default: 4)
--dcv
periodo di diff-cover per blockwise (predefinito: 1024)
--nodc disabilita diff-cover (l'algoritmo diventa quadratico)
-r//-noref
non compilare la porzione .3/.4.ebwt (riferimento compresso)
-3//-justref
basta costruire la porzione .3/.4.ebwt (riferimento compresso)
-o/--offrate
SA viene campionato ogni 2^caratteri offRate BWT (predefinito: 5)
-t//-ftabchars
# di caratteri consumati nella ricerca iniziale (predefinito: 10)
--ntoa convertire Ns in riferimento ad As
--seme
seme per generatore di numeri casuali
-q/--calmatevi
output dettagliato (per il debug)
-h/--aiuto
stampa una descrizione dettagliata dello strumento e delle sue opzioni
--uso
stampa questo messaggio di utilizzo
--versione
stampa le informazioni sulla versione ed esci
64-bit Costruito su lgw01-11 Thu Nov 26 11:11:03 UTC 2015 Compilatore: gcc versione 5.2.1 20151123
(Ubuntu 5.2.1-25ubuntu1) Opzioni: -O3 -Wl,--hash-style=entrambi -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2
-fstack-protettore-forte -Formato W -Errore=formato-sicurezza -g -O2 -fstack-protettore-forte
-Formato W -Errore=formato-sicurezza -Wl,-Bfunzioni-simboliche -Wl,-z,relro Dimensioneof {int, lungo,
lungo lungo, vuoto*, size_t, off_t}: {4, 8, 8, 8, 8, 8}
Usa la creazione di papillon online utilizzando i servizi onworks.net
