Questo è il comando bowtie2-align-l che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
bowtie2-align-l - strumento backend ultraveloce ed efficiente in termini di memoria per l'allineamento del sequenziamento
legge su lunghe sequenze di riferimento
DESCRIZIONE
Bowtie 2 versione 2.2.6 di Ben Langmead ([email protected], www.cs.jhu.edu/~langmea)
USO
bowtie2-align [opzioni]* -x {-2 -2 | -U } [-S ]
Prefisso del nome file dell'indice (meno .X.bt2l finale). NOTA: Papillon 1 e Papillon 2
gli indici non sono compatibili.
File con compagni n. 1, abbinati a file in .
File con compagni n. 2, abbinati a file in .
File con letture non accoppiate.
File per l'output SAM (predefinito: stdout)
, , possono essere elenchi separati da virgole (senza spazi) e possono essere specificati
molte volte. Es. '-U file1.fq, file2.fq -U file3.fq'.
VERSIONI (predefiniti in parentesi)
Ingresso:
-q i file di input della query sono FASTQ .fq/.fastq (predefinito)
--qseq i file di input della query sono nel formato qseq di Illumina
-f i file di input della query sono (multi-)FASTA .fa/.mfa
-r i file di input della query sono grezzi una sequenza per riga
-c , , sono sequenze stesse, non file
-s/--Salta
salta il primo letture/coppie in ingresso (nessuna)
-u/--fino a
fermati dopo il primo letture/coppie (nessun limite)
-5//-trim5
ordinare basi da 5'/estremità sinistra delle letture (0)
-3//-trim3
ordinare basi da 3'/estremo destro delle letture (0)
--phred33
le qualità sono Phred+33 (predefinito)
--phred64
le qualità sono Phred+64
--int-quals
qualità codificate come interi delimitati da spazi
Preselezioni:
Uguale a:
Nel --da un capo all'altro:
--molto veloce -D 5 -R 1 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50
--veloce -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50
--sensibile -D 15 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.15 (predefinito)
--molto sensibile -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50
Nel --Locale:
--molto-veloce-locale -D 5 -R 1 -N 0 -L 25 -i S,1,2.00
--fast-locale -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.75
--sensibile-locale -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i S,1,0.75 (predefinito)
--molto-sensibile-locale -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50
Allineamento:
-N
max # disallineamenti nell'allineamento del seme; può essere 0 o 1 (0)
-L
lunghezza delle sottostringhe del seme; deve essere >3, <32 (22)
-i
intervallo tra le sottostringhe seed w/r/t read len (S,1,1.15)
--n-ceil
func per max # non-A/C/G/Ts consentiti in aln (L,0,0.15)
--dpad
includere caratteri di riferimento extra ai lati della tabella DP (15)
--gbar
non consentire spazi interni nuclei di estremi di lettura (4)
--ignora-quals
trattare tutti i valori di qualità come 30 sulla scala Phred (disattivata)
--ora non allineare la versione in avanti (originale) della lettura (disattivata)
--Norc non allineare la versione a complemento inverso di read (off)
--no-1mm-in anticipo
non consentire 1 allineamento non corrispondente prima di tentare di eseguire la scansione per il seeding ottimale
allineamenti
--da un capo all'altro
l'intera lettura deve essere allineata; nessun ritaglio (attivo)
OR
--Locale
allineamento locale; le estremità potrebbero essere leggermente ritagliate (disattivate)
Punteggio:
--ma
bonus partita (0 per --da un capo all'altro, 2 per --Locale)
--mp
penalità massima per mancata corrispondenza; qualità inferiore = penalità inferiore (6)
--np
penalità per non-A/C/G/T in lettura/rif (1)
--rdg ,
leggere il gap aperto, estendere le penalità (5,3)
--RF G ,
gap di riferimento aperto, estendere le penalità (5,3)
--punteggio-min punteggio minimo di allineamento accettabile con lunghezza di lettura/r/t
(G,20,8 per locale, L,-0.6,-0.6 per end-to-end)
Reporting:
(Default)
cerca più allineamenti, segnala meglio, con MAPQ
OR
-k
rapporto fino a alns per lettura; MAPQ non significativo
OR
-a/--Tutti
segnalare tutti gli allineamenti; molto lento, MAPQ non significativo
Sforzo:
-D
rinunciare ad estendere dopo fallito si estende di fila (15)
-R
per letture con semi ripetitivi, prova set di semi (2)
Coppia:
-I//-minis
lunghezza minima del frammento (0)
-X//-maxins
lunghezza massima del frammento (500)
--FR//-rf/--ff -1, -2 accoppiamenti allineano fw/rev, rev/fw, fw/fw (--FR)
--non misto
sopprimere gli allineamenti non accoppiati per le letture accoppiate
--no-discordante
sopprimere gli allineamenti discordanti per le letture accoppiate
--no-coda di rondine
non concordante quando i compagni si estendono l'uno accanto all'altro
--non-contenere
non concordante quando un allineamento di accoppiamento ne contiene altri
--no-sovrapposizione
non concordante quando i compagni si sovrappongono affatto
Produzione:
-t/--tempo
stampa il tempo impiegato dalle fasi di ricerca
--silenzioso
non stampare nulla su stderr tranne errori gravi
--met-file
invia le metriche al file su (spento)
--met-stderr
invia metriche a stderr (disattivato)
--incontrato
segnala contatori e metriche interni ogni secondi (1)
--no-unale
sopprimere i record SAM per le letture non allineate
--no-testa
sopprimere le righe di intestazione, ovvero le righe che iniziano con @
--no-mq
sopprimere le righe di intestazione @SQ
--rg-id
imposta l'ID del gruppo di lettura, riflesso nella riga @RG e RG:Z: campo opt
--rg
Inserisci ("lab:value") alla riga @RG dell'intestazione SAM. Nota: la riga @RG viene stampata solo
quando --rg-id è impostato.
--omettere-sec-seq
inserire '*' nei campi SEQ e QUAL per gli allineamenti secondari.
Performance:
-p//-thread numero di thread di allineamento da avviare (1)
--riordina
forza l'ordine di output SAM in modo che corrisponda all'ordine delle letture di input
--mm utilizzare l'I/O mappato in memoria per l'indice; molti 'papillon possono condividere
Altro:
--qc-filtro
filtra le letture errate in base al filtro QSEQ
--seme
seme per generatore di numeri casuali (0)
--non deterministico randello di semi. gen. arbitrariamente invece di usare gli attributi di lettura
--versione
stampa le informazioni sulla versione ed esci
-h/--aiuto
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