Questo è il comando bowtie2-build che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
bowtie2-build - wrapper per bowtie2-build-*
SINOSSI
papillon2-build [Opzioni]*
DESCRIZIONE
Bowtie 2 versione 2.2.6 di Ben Langmead ([email protected], www.cs.jhu.edu/~langmea)
riferimento_in
elenco separato da virgole di file con sequenze di riferimento
bt2_index_base
scrivi i dati bt2 su file con questa directory/basename
*** Gli indici Bowtie 2 funzionano solo con v2 (non v1). Allo stesso modo per gli indici v1. ***
VERSIONI
-f i file di riferimento sono Fasta (predefinito)
-c sequenze di riferimento fornite sulla riga cmd (as )
--indice-grande
l'indice generato dalla forza deve essere "grande", anche se ref ha meno di 4 miliardi
nucleotidi
-a//-noauto
disabilita automatico -p//-bmax/--dcv memory-fitting
-p/--confezionato
utilizzare stringhe impacchettate internamente; più lento, meno memoria
--bmax
max bucket sz per il generatore di array di suffissi a blocchi
--bmaxdivn
max bucket sz come divisore di ref len (default: 4)
--dcv
periodo di diff-cover per blockwise (predefinito: 1024)
--nodc disabilita diff-cover (l'algoritmo diventa quadratico)
-r//-noref
non creare file indice .3/.4
-3//-justref
basta creare file di indice .3/.4
-o/--offrate
SA viene campionato ogni 2^ Caratteri BWT (predefinito: 5)
-t//-ftabchars
# di caratteri consumati nella ricerca iniziale (predefinito: 10)
--seme
seme per generatore di numeri casuali
-q/--calmatevi
output dettagliato (per il debug)
-h/--aiuto
stampa una descrizione dettagliata dello strumento e delle sue opzioni
--uso
stampa questo messaggio di utilizzo
--versione
stampa le informazioni sulla versione ed esci
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