Questo è il comando bp_process_sgdp che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
bp_process_sgd.pl - Massaggia i file flat di annotazione SGD in una versione adatta per il
Browser Genoma generico
SINOSSI
% bp_process_sgd.pl chromosomal_features.tab > lievito.gff
DESCRIZIONE
Questo script massaggia i file flat di annotazione della sequenza SGD situati in
ftp://genome-ftp.stanford.edu/pub/yeast/data_dump/feature/chromosomal_features.tab in
versione del formato GFF adatta alla visualizzazione da parte del browser del genoma generico.
Per utilizzare questo script, ottenere il file SGD chromosomal_features.tab dal sito FTP elencato
sopra ed eseguire il seguente comando:
% bp_process_sgd.pl chromosomal_features.tab > lievito.gff
Il file lievito.gff può quindi essere caricato in un database Bio::DB::GFF utilizzando quanto segue
comando:
% bulk_load_gff.pl -d lievito.gff
Usa bp_process_sgdp online utilizzando i servizi onworks.net
