cleanasn - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

cleanasn - ripulire le irregolarità negli oggetti ASN.1 NCBI

SINOSSI

pulito [-] [-A Nome del file] [-C str] [-D str] [-F str] [-K str] [-L Nome del file] [-M Nome del file]
[-N str] [-P str] [-Q str] [-R] [-S str] [-T] [-U str] [-V str] [-X str] [-Z str] [-a str]
[-b] [-c] [-d str] [-f str] [-i Nome del file] [-j Nome del file] [-k Nome del file] [-m str] [-n sentiero]
[-o Nome del file] [-p sentiero] [-q sentiero] [-r sentiero] [-v sentiero] [-x ext]

DESCRIZIONE

pulito è un programma di utilità per ripulire le irregolarità negli oggetti NCBI ASN.1.

VERSIONI

Di seguito è riportato un riepilogo delle opzioni.

- Stampa messaggio di utilizzo

-A Nome del file
File della lista di adesione

-C str Operazioni di sequenza, per i flag in str:
c Comprimi
d Decomprimere
v Spazi virtuali all'interno della sequenza segmentata
s Converti insieme segmentato in sequenza delta

-D str Pulisci descrittori, secondo i flag in str:
t Rimuovi titolo
c Rimuovi commento
n Rimuovere il titolo del set Nuc-Prot
e Rimuovi titolo Set Pop/Phy/Mut/Eco
m Rimuovi titolo mRNA
p Rimuovi il titolo della proteina

-F str Funzioni di pulizia, secondo i flag in str:
u Rimuovere gli oggetti utente
d Rimuovere db_xrefs
e Rimuovi /prova ed /inferenza
r Rimuovi xrif gene ridondanti
f Fusibile funzioni duplicate
k Regione di codifica della confezione o caratteristiche delle parti
z Eliminare o aggiornare i numeri CE

-K str Esegui una pulizia generale, secondo i flag in str:
b BasicSeqEntryCleanup
p C++ BasicCleanup (tramite un'utilità esterna)
s SeriousSeqEntryCleanup
gGpipeSeqEntryCleanup
n Normalizza l'ordine dei descrittori
u Rimuovere gli oggetti utente di NcbiCleanup
c Sincronizzare i codici genetici
d Risincronizza i parziali CDS
m Risincronizza i parziali dell'mRNA
t Risincronizzare i parziali peptidici
a Regolare la giunzione di consenso
i Promuovi a Seq-ID "peggiore"

-L Nome del file
File di registro

-M Nome del file
File macro

-N str Ripulire i collegamenti, per i flag in str:
o Link CDS mRNA per sovrapposizione
p Link CDS mRNA per prodotto
r Riassegna ID funzione
f Correggi gli ID delle funzioni reciproche mancanti
c Cancella ID funzione

-P Opzioni di pubblicazione:
a Rimuovi tutte le pubblicazioni
s Rimuovi numero di serie
f Rimuovi figura, numerazione e nome
r Rimuovi commento
u Aggiorna pubblicazione solo PMID
# Sostituisci non pubblicato con PMID

-Q str Rapporto:
c Conteggio registrazioni
r ASN.1 Rapporto BSEC
s ASN.1 Rapporto SSEC
n Rapporto NORM vs. SSEC
e Rapporto AutoDef PopPhyMutEco
o Rapporto di sovrapposizione
l Differenza paese latitudine-longitudine
d Registra le differenze SSEC
g Differenza SSEC GenBank
f asn2gb/asn2flat diff
h Diff. GenBank da segmento a triangolo
v Validatore SSEC diff
m Modernizza Gene/RNA/PCR
u Ricerca pub non pubblicata
p Ricerca pub pubblicata
j Rapporto giornale non indicizzato
x Scansione personalizzata

-R Recupero remoto da ID (database di sequenze NCBI)

-S str Filtro differenziale selettivo (salta le lettere maiuscole)
sSSEC
bBSEC
un autore
p Pubblicazione
l Posizione
rRNA
q Ordine qualificatore
g Blocco Genbank
k Pacchetto CdRegione o caratteristiche delle parti
m Sposta pubblicazione
o Lascia una pubblicazione Bioseq duplicata
d Linea di definizione automatica
e Riga di definizione Set Pop/Phy/Mut/Eco

-T Ricerca tassonomica

-U str Modernizza, secondo le bandiere in str:
g geni
rRNA
p Primer per PCR

-V str Rimuovi funzionalità in base alla gravità del validatore:
r Rifiuta
e Errore
w Avvertenza
io Info

-X str Opzioni varie, per str:
d Linea di definizione automatica
e Riga di definizione Set Pop/Phy/Mut/Eco
n Istanzia il titolo NC
m Istanzia titoli NM
x Titoli speciali XM
p Istanzia i titoli delle proteine
c Creare mRNA per codificare sequenze
f Correggi il reciproco protein_id/transcript_id

-Z str Rimuovi l'oggetto utente indicato

-a str Tipo ASN.1
a Qualsiasi (predefinito)
e Inserimento sequenziale
b Bioseq
s Set Bioseq
m Seq-invia
t Elaborazione batch [Stringa]

-b L'ingresso ASN.1 è binario

-c L'ingresso ASN.1 è compresso

-d str Database di origine
a Qualsiasi (predefinito)
gGenBank
e EMBL
dDDBJ
b EMBL o DDBJ
r SeqRif
nNCBI
v Solo sequenze segmentate
w Escludi sequenze segmentate
x Escludi EMBL/DDBJ
y Escludi gbcon, gbest, gbgss, gbhtg, gbpat, gbsts

-f str Filtro sottostringa

-i Nome del file
File di input singolo (predefinito su stdin)

-j Nome del file
Nome del primo file

-k Nome del file
Ultimo nome file

-m str Modalità file flat:
r Rilascio
e Entrez
s paillettes
d Scarica

-n sentiero
asn2flat eseguibile (il valore predefinito è /netopt/ncbi_tools/bin/asn2flat)

-o Nome del file
File di output singolo (predefinito su stdout)

-p sentiero
Elabora tutti i file corrispondenti in sentiero

-q sentiero
ffdiff eseguibile (il valore predefinito è /netopt/genbank/subtool/bin/ffdiff)

-r sentiero
Percorso per i risultati

-v sentiero
asnval eseguibile (il valore predefinito è /netopt/ncbi_tools/bin/asnval)

-x ext Suffisso di selezione file da utilizzare con -p (predefinito su .ent)

Utilizzare cleanasn online utilizzando i servizi onworks.net