chiaro: online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

Clearcut - Un vicino rilassato che si unisce

SINOSSI

netta --in= --out= [Opzioni] ...

DESCRIZIONE

GENERALE OPZIONI:
-h, --Aiuto
Visualizza queste informazioni.

-V, --versione
Stampa la versione di questo programma.

-v, --verboso
Più uscita. (Predefinito: SPENTO)

-q, --silenzioso
Funzionamento silenzioso. (Predefinito: ATTIVO)

-s, --seme=
Imposta esplicitamente il seme PRNG su un valore specifico.

-r, --non casuale
Il tentativo si unisce in modo deterministico. (Predefinito: SPENTO)

-S, --mescola
Mescola casualmente la matrice delle distanze. (Predefinito: SPENTO)

-N, --vicino
Usa il tradizionale algoritmo Neighbor-Joining. (Predefinito: SPENTO)

INGRESSO OPZIONI:
-I, --stdin
Leggi l'input da STDIN.

-d, --distanza
Il file di input è una matrice di distanza. (Predefinito: ATTIVO)

-a, --allineamento
Il file di input è un insieme di sequenze allineate. (Predefinito: SPENTO)

-D, --DNA
L'allineamento degli input sono sequenze di DNA.

-P, --proteina
L'allineamento degli input sono sequenze proteiche.

CORREZIONE MODELLO PER COMPUTING DISTANZA MATRIX (Predefinito: NO Correzione):
-j, --juke
Utilizzare la correzione di Jukes-Cantor per calcolare la matrice della distanza.

-k, --kimura
Usa la correzione Kimura per la matrice della distanza.

USCITA OPZIONI:
-O, --stdout
Albero di output su STDOUT.

-m, --matriceout=Matrice della distanza di output nel file specificato.

-n, --alberi=
Output n alberi. (Predefinito: 1)

-e, --expblen
Notazione esponenziale per le lunghezze dei rami. (Predefinito: SPENTO)

-E, --expdist
Notazione esponenziale nell'output a distanza. (Predefinito: SPENTO)

ESEMPI:
Calcola l'albero fornendo la matrice di distanza tramite stdin:

netta --distanza < distanze.txt > treefile.tre

Compute tree fornendo un allineamento di sequenze di DNA da un file:

netta --allineamento --DNA --In=allineamentotxt --fuori=file dell'albero.tre

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