clustalw - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

clustalw - Allineamento multiplo di sequenze di acidi nucleici e proteine

SINOSSI

clusterw [-infilare] file.est [VERSIONI]

clusterw [-Aiuto | - aiuto completo]

DESCRIZIONE

Clustal W è un programma di allineamento multiplo di uso generale per DNA o proteine.

Il programma esegue l'allineamento simultaneo di molte sequenze di nucleotidi o amminoacidi. Esso
viene in genere eseguito in modo interattivo, fornendo un menu e una guida in linea. Se preferisci usare
in modalità riga di comando (batch), dovrai dare diverse opzioni, il minimo è
-infilare.

VERSIONI

DATA (sequenze)
-filein=file.est
Sequenze di input.

-profilo1=file.est ed -profilo2=file.est
Profili (vecchio allineamento)

VERBI (di cose)
-opzioni
Elenca i parametri della riga di comando.

-Aiuto or -dai un'occhiata
Delinea i parametri della riga di comando.

- aiuto completo
Output del contenuto completo della guida.

-allineare
Eseguire l'allineamento multiplo completo.

-albero
Calcola albero NJ.

-pima
Matrice di identità percentuale di output (durante il calcolo dell'albero).

-stivaletto=n
Bootstrap un albero NJ (n= numero di bootstrap; def. = 1000).

-convertire
Emetti le sequenze di input in un formato di file diverso.

PARAMETRI (impostato cose)
Generale impostazioni:
-interattivo
Leggere la riga di comando, quindi accedere ai normali menu interattivi.

-albero veloce
Utilizzare l'algoritmo FAST per l'albero della guida di allineamento.

-tipo=
PROTEINA or DNA sequenze.

-negativo
Allineamento delle proteine ​​con valori negativi nella matrice.

-file di uscita=
Nome del file di allineamento della sequenza.

-uscita=
GCG, GDE, FILIPPO, PIR or NEXUS.

-ordine di uscita=
INGRESSO or ALLINEATO

-Astuccio
INFERIORE or UPPER (solo per uscita GDE).

-seqnos=
OFF or ON (solo per uscita Clustal).

-seqnos_range=
OFF or ON (NOVITÀ: per tutti i formati di output).

-intervallo=m,n
Intervallo di sequenza da scrivere a partire m a m+n.

-maxsequenza=n
Lunghezza massima consentita della sequenza di input.

-silenzioso
Riduci al minimo l'output della console.

-statistiche=filetto
Registra alcune statistiche di allineamento su filetto.

Connessione a coppie Allineamenti:
-kuplo=n
Dimensione della parola.

-topdiags=n
Numero di migliori diag.

-finestra=n
Finestra intorno ai migliori diag.

-pairgap=n
Pena di gap.

-Punto
PER CENTO or ASSOLUTO.

Rallentare a coppie Allineamenti:
-pwmatrice=
:Matrice peso proteine=BLOSUM, PAM, GONNET, ID or Nome del file

-pwdnamatrice=
matrice peso DNA=BLOSUMIUB, BLOSUMCLUSTALW o BLOSUMnome del file.

-pwgapopen=f
Penalità di apertura del gap.

-pwgapext=f
Penalità per l'estensione del gap.

multiplo Allineamenti:
-nuovo albero=
File per il nuovo albero guida.

-usetree=
File per il vecchio albero guida.

-matrice=
Matrice del peso proteico=BLOSUM, PAM, GONNET, ID or Nome del file.

-dnamatrice=
matrice peso DNA=IUB, CLUSTALW or Nome del file.

-gapopen=f
Penalità di apertura del gap.

-gapext=f
Penalità per l'estensione del gap.

-si aggancia
Nessuna penna di separazione dello spazio tra le estremità.

-gapdist=n
Penna per la separazione degli spazi. gamma.

-nogap
Lacune specifiche per i residui sono disattivate.

-nohgap
Lacune idrofile fuori.

-hgapresidus=
Elenca le risoluzioni idrofile.

-maxdiv=n
Percentuale di identità per ritardo.

-tipo=
PROTEINA or DNA

-traspeso=f
Ponderazione delle transizioni.

-iterazione=
NONE or ALBERO or ALLINEAMENTO.

-numero=n
Numero massimo di iterazioni da eseguire.

Profilo Allineamenti:
-profilo
Unisci due allineamenti per allineamento del profilo.

-nuovoalbero1=
File per il nuovo albero guida per profile1.

-nuovoalbero2=
File per il nuovo albero guida per profile2.

-usetree1=
File per il vecchio albero guida per profile1.

-usetree2=
File per il vecchio albero guida per profile2.

Sequenza a Profilo Allineamenti:
-sequenze
Aggiungi in sequenza le sequenze profile2 all'allineamento profile1.

-nuovo albero=
File per il nuovo albero guida.

-usetree=
File per il vecchio albero guida.

Structure Allineamenti:
-nosecstr1
Non utilizzare la maschera di penalità di gap struttura secondaria per il profilo 1.

-nosecstr2
Non utilizzare la maschera di penalità di gap struttura secondaria per il profilo 2.

-secstrout=STRUTTURA or MASCHERA or ENTRAMBI or NONE
Output nel file di allineamento.

-elicagap=n
Penalità di gap per i residui del nucleo dell'elica.

-sfilamento=n
Penalità di gap per i residui del nucleo del trefolo.

loop gap=n
Penalità di gap per le regioni del loop.

-terminale=n
Penalità di gap per i termini della struttura.

-elixendina=n
Numero di residui all'interno dell'elica da trattare come terminale.

-helixendout=n
Numero di residui fuori elica da trattare come terminale.

-strandendin=n
Numero di residui all'interno del trefolo da trattare come terminale.

-strandout=n
Numero di residui al di fuori del trefolo da trattare come terminale.

Alberi:
-albero di output=nj OR filippino OR dist OR connessione

-seme=n
Numero seme per bootstrap.

-chimura
Usa la correzione di Kimura.

-tossgap
Ignora le posizioni con spazi vuoti.

-bootlabel=nodo
Posizione dei valori bootstrap nella visualizzazione ad albero.

-raggruppamento=
NJ o UPGMA.

Utilizzare clusterw online utilizzando i servizi onworks.net