codonw - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

codonw - Analisi della corrispondenza dell'uso del codone

DESCRIZIONE

codonW [inputfile] [outputfile] [bulkoutfile] [opzioni] Opzioni generali e impostazioni predefinite:

-h(aiuto)
Questo messaggio di aiuto

-nessunmenu
Impedisci la visualizzazione dell'interfaccia del menu

-adesso
Impedisci avvisi sulla visualizzazione delle sequenze

-silenzioso
Sovrascrivi i file in silenzio

-totali
Concatena tutti i geni nel file di input

-macchina
Uscita leggibile dalla macchina

-umano Output leggibile dall'uomo

-codice N
Codice genetico come definito nel menu 3 opzione 5

-f_tipo N
Codoni Fop/CBI come definiti dall'opzione 3 del menu 6

-tipo_c N
Valori di fitness Cai come definiti dall'opzione 3 del menu 7

-t (carattere)
Separatore di colonne da utilizzare nei file di output (virgola,tab,spazio)

Indici di utilizzo dei codoni e indici di aminoacidi

-cai calcolare l'indice di adattamento del codone (CAI)

-fop calcolare la frequenza dell'indice dei codoni ottimali (FOP)

-cbi calcolare Codon Bias Index (CBI)

-ecc Numero effettivo di codoni (ENc)

-gc Contenuto G+C del gene (tutte e 3 le posizioni del codone)

-gcs3 GC di codoni sinonimi 3a posizione

-sil_base
Composizione di base in posizioni sinonimi del terzo codone

-L_sim Numero di codoni sinonimi

-L_aa Numero totale di codoni sinonimi e non sinonimi

-tutti_indici
Tutti gli indici di cui sopra

-aro Calcola l'aromaticità delle proteine

-id Calcolare l'idropatia delle proteine

-cai_file
{file} File di input dell'utente dei valori CAI

-cbi_file
{file} File di input dell'utente dei valori CBI

-file_fop
{file} File di input dell'utente dei valori Fop

Opzioni per l'analisi della corrispondenza (COA)

-coa_cu
COA delle frequenze di utilizzo del codone

-coa_rscu
COA dell'utilizzo del codone sinonimo relativo

-coa_aa
COA delle frequenze di utilizzo degli aminoacidi

-coa_esperto
Genera statistiche dettagliate (esperte) sul COA

-coa_assi N
Seleziona il numero di assi da registrare

-coa_num N
Seleziona il numero di geni da utilizzare per identificare i valori di codoni ottimali possono essere interi
numeri o una percentuale (5 o 10%)

Opzioni di output in blocco | solo uno può essere selezionato per analisi

-au Utilizzo di aminoacidi (AAU)

-raau Utilizzo relativo di aminoacidi (RAAU)

-cu Utilizzo del codone (CU) (predefinito)

-tagliab Tabulazione dell'uso del codone

-tagliato Tabulazione dell'utilizzo del codone del set di dati

-rscu Utilizzo relativo del codone sinonimo (RSCU)

- veloce formato fasta

-ordinato formato fasta

-lettore
Formato Reader (i codoni sono separati da spazi)

-traduzione
Traduzione concettuale del DNA in amminoacido

-base Rapporto dettagliato sulla composizione del codone G+C

-dinuc Uso dinucleotidico dei tre codoni pos.

-nob Nessun output di massa da scrivere su file

Dove {file} rappresenta un nome file di input e N un valore intero Uscita controllata <>

Usa codonw online utilizzando i servizi onworks.net