combineMUMs - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

mummer - pacchetto per l'allineamento di sequenze di più genomi

SINOSSI

mummer-annotazione
combinareMUMs
dnadiff [opzioni]o [opzioni]-d<deltafile>
tandem esatti
lacune
Vista mappa [opzioni]<coordinatefile>[UTRcoordinate][CDcoordinate]
mgap [-D][-F][-l][-S]
guitto [Opzioni]
trama mummer [opzioni]<corrispondenzafile>
numero [opzioni]
numero2xfig
promettere [opzioni]
ripetere la partita [opzioni]
corri-mummer1 <veloceriferimento><velocedomanda>[-R]
corri-mummer3 <veloceriferimento><multivelocedomanda>
mostra-allinea [opzioni]<rifID><chiediID>

L'input è l'output .delta del programma "nucmer" o "promer" passato al
riga di comando.

L'output è su stdout e consiste in tutti gli allineamenti tra la query e il riferimento
sequenze identificate sulla riga di comando.

NOTA: per impostazione predefinita non viene eseguito alcun ordinamento, pertanto gli allineamenti verranno ordinati come trovato in
il ingresso.
showcoords [opzioni]
mostra-snps [opzioni]
mostra-piastrelle [opzioni]

DESCRIZIONE

VERSIONI

Tutti gli strumenti (ad eccezione delle lacune) obbediscono alle opzioni -h, --help, -V e --version come si farebbe
aspettarsi. Questo aiuto è eccellente e rende queste pagine man fondamentalmente obsolete.
combinareMUMs Combina le MUM in estendendo le partite fuori campo e tra MUM.
è un file fasta della sequenza di riferimento. è un multi-
file fasta delle sequenze confrontate con il riferimento

-D Uscita solo per stdout le posizioni di differenza
e personaggi
-n Consenti corrispondenze solo tra nucleotidi, ovvero ACGT
-N num Break corrisponde a o più consecutivi non-ACGT
-q tag Usato per etichettare la corrispondenza della query
-r tag Usato per etichettare la corrispondenza di riferimento
-S Visualizza tutte le differenze nelle stringhe
-t Etichetta le corrispondenze della query con l'intestazione fasta della query
-v num Imposta il livello dettagliato per un output extra
-W file Reimposta il nome del file di output predefinito witherrors.gaps
-x Non emette file .cover
-e Imposta il limite del tasso di errore su e (ad es. 0.02 è il due percento)
dnadiff Eseguire l'analisi comparativa di due serie di sequenze utilizzando nucmer e i suoi associati
utilità con i parametri consigliati. Vedi la documentazione di MUMmer per maggiori dettagli
descrizione dell'uscita. Produce i seguenti file di output:

.report - Riepilogo di allineamenti, differenze e SNP
.delta - Output di allineamento numerico standard
.1delta - Allineamento 1 a 1 dal filtro delta -1
.mdelta - Allineamento da M a M da delta-filter -m
.1coords - coordinate 1 a 1 da show-coords -THrcl .1delta
.mcoords - Coordinate da M a M da show-coords -THrcl .mdelta
.snps - SNP da show-snps -rlTHC .1delta
.rdiff - Breakpoint di riferimento classificati da show-diff -rH .mdelta
.qdiff - breakpoint qry classificati da show-diff -qH .mdelta
.unref - ID e lunghezze di riferimento non allineati (se applicabile)
.unqry - ID query e lunghezze non allineate (se applicabile)

OBBLIGATORIO:
riferimento Imposta il riferimento di input nome file multi-FASTA
query Imposta la query di input nome file multi-FASTA
or
delta file File di allineamento .delta non filtrato da nucmer

OPZIONI:
-d|delta Fornisce un file delta precalcolato per l'analisi
-h
--help Visualizza le informazioni di aiuto ed esce
-p|prefix Imposta il prefisso dei file di output (default "out")
-V
--version Visualizza le informazioni sulla versione ed esce

Vista mappa
-h
--help Visualizza le informazioni di aiuto ed esce
-m|mag Imposta l'ingrandimento con cui viene resa la figura,
questa è un'opzione per fig2dev che viene utilizzata per generare
i file PDF e PS (default 1.0)
-n|num Imposta il numero di file di output utilizzati per partizionare il
output, questo per evitare di generare file troppo
grande da visualizzare (predefinito 10)
-p|prefisso Imposta il prefisso del file di output
(predefinito "PROMER_graph o NUCMER_graph")
-v
--verbose Registrazione dettagliata dei file elaborati
-V
--version Visualizza le informazioni sulla versione ed esce
-x1 coord Imposta il limite inferiore delle coordinate del display
-x2 coord Imposta il limite superiore delle coordinate del display
-g|ref Se il file di input è fornito da 'mgaps', imposta il
ID sequenza di riferimento (come appare nella prima colonna
del file delle coordinate UTR/CDS)
-I Visualizza il nome delle sequenze di query
-Ir Visualizza il nome dei geni di riferimento
guitto Trova ed emetti (a stdout) le posizioni e la lunghezza di tutti sufficientemente lunghi
corrispondenze massime di una sottostringa in e

-mum calcola le corrispondenze massime che sono uniche in entrambe le sequenze
-mumcand uguale a -mumreference
-mumreference calcola le corrispondenze massime che sono univoche in
la sequenza di riferimento ma non necessariamente nella sequenza di interrogazione
(Default)
-maxmatch calcola tutte le corrispondenze massime indipendentemente dalla loro unicità
-n corrisponde solo ai caratteri a, c, g o t
possono essere in maiuscolo o in minuscolo
-l imposta la lunghezza minima di una corrispondenza
se non è impostato, il valore predefinito è 20
-b calcola le corrispondenze del complemento diretto e inverso
-r calcola solo le corrispondenze del complemento inverso
-s mostra le sottostringhe corrispondenti
-c riporta la posizione della query di una corrispondenza del complemento inverso
rispetto alla sequenza di query originale
-F forza il formato di output a 4 colonne indipendentemente dal numero di
ingressi di sequenza di riferimento
-L mostra la lunghezza delle sequenze di query sulla riga di intestazione
suora
nucmer genera allineamenti nucleotidici tra due input mutli-FASTA
File. Vengono generati due file di output. Gli elenchi dei file di output .cluster
gruppi di corrispondenze tra ciascuna sequenza. Il file .delta elenca i
distanza tra inserimenti e delezioni che producono il punteggio massimo
allineamenti tra ogni sequenza.

OBBLIGATORIO:
Riferimento Imposta il riferimento di input multi-FASTA nome file
Query Imposta il nome file multi-FASTA della query di input

--mum Usa corrispondenze di ancoraggio univoche in entrambi i riferimenti
e interrogare
--mumcand Come --mumreference
--mumreference Usa le corrispondenze di ancoraggio che sono univoche nel riferimento
ma non necessariamente univoco nella query (comportamento predefinito)
--maxmatch Usa tutte le corrispondenze di ancoraggio indipendentemente dalla loro unicità

-b|breaklen Imposta la distanza a cui tenterà un'estensione di allineamento
estendere le regioni con scarso punteggio prima di arrendersi (predefinito 200)
-c|mincluster Imposta la lunghezza minima di un cluster di corrispondenze (predefinito 65)
--[no]delta Attiva/disattiva la creazione del file delta (predefinito --delta)
--depend Stampa le informazioni sulla dipendenza ed esce
-d|diagfactor Imposta il fattore di separazione della differenza diagonale di clustering
(predefinito 0.12)
--[no]extend Attiva/disattiva il passaggio dell'estensione del cluster (predefinito --extend)
-f
--forward Usa solo il filo diretto delle sequenze Query
-g|maxgap Imposta la distanza massima tra due corrispondenze adiacenti in a
cluster (predefinito 90)
-h
--help Visualizza le informazioni di aiuto ed esce
-l|minmatch Imposta la lunghezza minima di una singola corrispondenza (predefinito 20)
-o
--coords Genera automaticamente le coordinate NUCmer1.1 originali
file di output utilizzando il programma 'show-coords'
--[no]optimize Attiva/disattiva l'ottimizzazione del punteggio di allineamento, ad esempio se un allineamento
l'estensione raggiunge la fine di una sequenza, tornerà indietro
per ottimizzare il punteggio di allineamento invece di terminare il
allineamento alla fine della sequenza (default --optimize)
-p|prefix Imposta il prefisso dei file di output (default "out")
-r
--reverse Usa solo il complemento inverso delle sequenze Query
--[no]simplify Semplifica gli allineamenti rimuovendo i cluster in ombra. Giro
questa opzione è disattivata se si allinea una sequenza a se stessa per guardare
per le ripetizioni (predefinito --simplify)

promettere
promer genera allineamenti di aminoacidi tra due input di DNA mutli-FASTA
File. Vengono generati due file di output. Gli elenchi dei file di output .cluster
gruppi di corrispondenze tra ciascuna sequenza. Il file .delta elenca i
distanza tra inserimenti e delezioni che producono il punteggio massimo
allineamenti tra ogni sequenza. L'input del DNA viene tradotto in tutti i 6
leggere i frame per generare l'output, ma le coordinate di output
fare riferimento all'input del DNA originale.

OBBLIGATORIO:
Riferimento Imposta il riferimento di input del file DNA multi-FASTA
Query Imposta la query di input del file DNA multi-FASTA

--mum Usa corrispondenze di ancoraggio univoche in entrambi i riferimenti
e interrogare
--mumcand Come --mumreference
--mumreference Usa le corrispondenze di ancoraggio che sono univoche nel riferimento
ma non necessariamente univoco nella query (comportamento predefinito)
--maxmatch Usa tutte le corrispondenze di ancoraggio indipendentemente dalla loro unicità

-b|breaklen Imposta la distanza a cui tenterà un'estensione di allineamento
estendere le regioni con scarso punteggio prima di arrendersi, misurato in
aminoacidi (predefinito 60)
-c|mincluster Imposta la lunghezza minima di un cluster di corrispondenze, misurata in
aminoacidi (predefinito 20)
--[no]delta Attiva/disattiva la creazione del file delta (predefinito --delta)
--depend Stampa le informazioni sulla dipendenza ed esce
-d|diagfactor Imposta il fattore di separazione della differenza diagonale di clustering
(predefinito .11)
--[no]extend Attiva/disattiva il passaggio dell'estensione del cluster (predefinito --extend)
-g|maxgap Imposta la distanza massima tra due corrispondenze adiacenti in a
cluster, misurato in amminoacidi (default 30)
-l|minmatch Imposta la lunghezza minima di una singola corrispondenza, misurata in amino
acidi (predefinito 6)
-m|masklen Imposta la lunghezza massima di mascheratura del fermalibri, misurata in ammino
acidi (predefinito 8)
-o
--coords Genera automaticamente il ".coords" originale di PROmer1.1
file di output utilizzando il programma "show-coords"
--[no]optimize Attiva/disattiva l'ottimizzazione del punteggio di allineamento, ad esempio se un allineamento
l'estensione raggiunge la fine di una sequenza, tornerà indietro
per ottimizzare il punteggio di allineamento invece di terminare il
allineamento alla fine della sequenza (default --optimize)

-p|prefix Imposta il prefisso dei file di output (default "out")
-x|matrix Imposta il numero della matrice di allineamento su 1 [BLOSUM 45],
2 [BLOSUM 62] o 3 [BLOSUM 80] (predefinito 2)
ripetere la partita Trova tutte le corrispondenze esatte massime in
-E Usa la ricerca esaustiva (lenta) per trovare corrispondenze
-f Solo filamento in avanti, non usare il complemento inverso
-n # Imposta la lunghezza minima della corrispondenza esatta su #
-t Solo uscite tandem ripetizioni
-V # Imposta il livello di stampa dettagliata (debug) su #
mostra-allinea
-h Visualizza le informazioni di aiuto
-q Ordina gli allineamenti in base alla coordinata di inizio della query
-r Ordina gli allineamenti in base alla coordinata iniziale di riferimento
-w int Imposta la larghezza dello schermo - il valore predefinito è 60
-x int Imposta il tipo di matrice - il valore predefinito è 2 (BLOSUM 62),
altre opzioni includono 1 (BLOSUM 45) e 3 (BLOSUM 80)
nota: ha effetto solo sugli allineamenti degli amminoacidi
showcoords
-b Unisce gli allineamenti sovrapposti indipendentemente dalla corrispondenza della directory
o frame e non visualizza alcuna informazione sull'identità.
-B Passa l'output al formato btab
-c Includere le informazioni sulla copertura percentuale nell'output
-d Visualizza la direzione di allineamento nell'ulteriore
Colonne FRM (impostazione predefinita per promer)
-g Opzione obsoleta. Si prega di utilizzare 'filtro delta' invece
-h Visualizza le informazioni di aiuto
-H Non stampa l'intestazione di output
-I float Imposta l'identità percentuale minima da visualizzare
-k Knockout (non visualizzare) gli allineamenti che si sovrappongono
un altro allineamento in un frame diverso di oltre il 50%
della loro lunghezza, E hanno una somiglianza percentuale inferiore
o sono inferiori al 75% della dimensione dell'altro allineamento
(solo Promer)
-l Include le informazioni sulla lunghezza della sequenza nell'output
-L long Imposta la lunghezza minima di allineamento da visualizzare
-o Annota gli allineamenti massimi tra due sequenze, ad es
sovrapposizioni tra sequenze di riferimento e query
-q Ordina le righe di output per ID query e coordinate
-r Ordina le righe di output per ID di riferimento e coordinate
-T Passa l'output al formato delimitato da tabulazioni

L'input è l'output .delta del programma "nucmer" o "promer" passato al
riga di comando.

L'output è su stdout e consiste in un elenco di coordinate, identità percentuale e altro
informazioni utili riguardanti i dati di allineamento contenuti nel file .delta utilizzato come
ingresso.

NOTA: per impostazione predefinita non viene eseguito alcun ordinamento, pertanto gli allineamenti verranno ordinati come trovati
nel ingresso.
mostra-snps
-C Non segnalare SNP da allineamenti con un ambiguo
mappatura, ovvero riportare solo gli SNP in cui [R] e [Q]
le colonne sono uguali a 0 e non emettono queste colonne
-h Visualizza le informazioni di aiuto
-H Non stampa l'intestazione di output
-Non riporto indels
-l Include le informazioni sulla lunghezza della sequenza nell'output
-q Ordina le righe di output per ID query e posizioni SNP
-r Ordina le linee di output per ID di riferimento e posizioni SNP
-S Specifica quali allineamenti segnalare passando
linee 'show-coords' a stdin
-T Passa al formato delimitato da tabulazioni
-x int Include x caratteri del contesto SNP circostante nel
uscita, impostazione predefinita 0

Input è l'output .delta del programma nucmer o promer passato al comando
linea.

L'output è stdout e consiste in un elenco di SNP (o sostituzioni di amminoacidi per
promer) con posizioni e altre info utili. L'output verrà ordinato con -r per impostazione predefinita
e la colonna [BUFF] farà sempre riferimento alla sequenza le cui posizioni sono state ordinate.
Questo valore specifica la distanza da questo SNP alla mancata corrispondenza più vicina (fine dell'allineamento,
indel, SNP, ecc.) nello stesso allineamento, mentre la colonna [DIST] specifica la distanza
da questo SNP alla fine della sequenza più vicina. SNP per i quali le colonne [R] e [Q] sono
maggiore di 0 dovrebbe essere valutato con cautela, poiché queste colonne specificano il numero di
altri allineamenti che si sovrappongono a questa posizione. Utilizzare -C per assicurarsi che gli SNP vengano segnalati solo da
regioni di allineamento uniche.

mostra-piastrelle
-a Descrivere il percorso di piastrellatura stampando il delimitato da tabulazioni
coordinate della regione di allineamento a stdout
-c Assumi che le sequenze di riferimento siano circolari e consenti
contigs piastrellati per coprire l'origine
-g int Imposta la distanza massima tra gli allineamenti in cluster [-1, INT_MAX]
Un valore di -1 rappresenterà l'infinito
(numero predefinito = 1000)
(promo predefinito = -1)
-i float Imposta l'identità percentuale minima su tile [0.0, 100.0]
(numero predefinito = 90.0)
(predefinito attuale = 55.0)
-l int Imposta la lunghezza minima contig da riportare [-1, INT_MAX]
Un valore di -1 rappresenterà l'infinito
(predefinito comune = 1)
-p file Emette una pseudo molecola della query contigs su 'file'
-R Affronta contig ripetitivi posizionandoli casualmente
in una delle loro posizioni di copia (implica -V 0)
-t file Genera un elenco contig in stile TIGR di ogni sequenza di query
che corrisponda sufficientemente al riferimento (non circolare)
-u file Visualizza le coordinate della regione di allineamento delimitate da tabulazioni
dei contig inutilizzabili su 'file'
-v float Imposta la copertura contig minima su tile [0.0, 100.0]
(numero predefinito = 95.0) somma dei singoli allineamenti
(promer default = 50.0) estensione della regione sintenica
-V float Imposta la differenza minima di copertura contig [0.0, 100.0]
cioè la differenza necessaria per determinare un allineamento
è "migliore" di un altro allineamento
(numero predefinito = 10.0) somma dei singoli allineamenti
(promer default = 30.0) estensione della regione sintenica
-x Descrivere il percorso di piastrellatura stampando il contig XML
collegamento delle informazioni a stdout

Input è l'output .delta del programma nucmer, eseguito su dati di sequenza molto simili, oppure
l'output .delta del programma promer, eseguito su dati di sequenza divergenti.

L'output è su stdout e consiste nella posizione prevista di ogni query di allineamento
contig come mappato alle sequenze di riferimento. Queste coordinate fanno riferimento all'estensione di
l'intero contig della query, anche quando solo una certa percentuale del contig era effettivamente
allineato (a meno che non venga utilizzata l'opzione -a). Le colonne sono, inizio in ref, fine in ref, distanza da
prossimo contig, lunghezza di questo contig, copertura dell'allineamento, identità, orientamento e ID
rispettivamente.

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