Questo è il comando compalign che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
compalign - confronta due allineamenti multipli
SINOSSI
comparire [-opzioni]
DESCRIZIONE
comparire calcola l'"identità" frazionaria tra l'allineamento attendibile e il test
allineamento. I due file devono contenere esattamente le stesse sequenze, esattamente le stesse
ordine.
L'identità degli allineamenti multipli di sequenza è definita come identità media su
tutti gli allineamenti a coppie N(N-1)/2.
L'identità frazionaria di due insiemi di allineamenti a coppie è a sua volta definita come segue
(per sequenze note allineate k1 e k2 e sequenze di test allineate t1 e t2):
colonne abbinate/colonne totali
dove colonne totali = il numero totale di colonne in cui c'è
un simbolo valido (non-gap) in k1 o k2;
colonne abbinate = il numero di colonne in cui uno dei
quanto segue è vero:
k1 e k2 hanno entrambi simboli validi in una data colonna; t1 e t2
avere gli stessi simboli allineati in una colonna di t1/t2
allineamento;
k1 ha un simbolo allineato a uno spazio in k2; quel simbolo in t1 è
anche allineato a uno spazio vuoto;
k2 ha un simbolo allineato a uno spazio in k1; quel simbolo in t2 è
anche allineato a uno spazio vuoto.
Poiché vengono calcolati i punteggi per tutte le possibili coppie, l'algoritmo è dell'ordine (N^2)L per
N sequenze di lunghezza L; grandi serie di sequenze impiegheranno un po' di tempo.
VERSIONI
Opzioni disponibili:
-h Stampa una breve guida e informazioni sull'utilizzo.
-c Confronta solo sotto la struttura di consenso #=CS contrassegnata.
--informati
Specificare che entrambi gli allineamenti sono in formato (MSF, per esempio).
--silenzioso
Elimina l'intestazione dettagliata (utilizzata nei test di regressione).
Usa compalign online utilizzando i servizi onworks.net
