Questo è il comando convertToExtent che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
sim4dbutils - utilità per lavorare con i file di allineamento generati da sim4db
convertPolishes - converte tra i formati sim4db e GFF3
filterPolishes: filtra gli allineamenti in base all'identità della sequenza, alla copertura e alla lunghezza.
mergePolishes: unisci allineamenti da più file
sortPolishes - ordina gli allineamenti per cDNA o indice di sequenza genomica o nome di sequenza
convertToExtent - Converti dal formato sim4db a un formato delimitato da tabulazioni a riga singola
fixPolishesIID - Aggiorna un file sim4db per utilizzare l'indice di sequenza di un file fasta specifico.
Può essere utilizzato anche per estrarre un sottoinsieme degli allineamenti dal file sim4db.
depthOfPolishes - Emette un istogramma delimitato da tabulazioni della profondità delle lucidature a vari
dimensioni delle finestre.
headPolishes - stampa i primi N allineamenti in un file, simile a capo(1)
pickBestPolish - riporta solo l'allineamento "migliore" per ogni cDNA
pickUniquePolish: riporta gli allineamenti in cui esiste un chiaro allineamento migliore per
ogni cDNA.
plotCoverageVsIdentity - Genera (1) un istogramma dell'identità percentuale, (2) a
istogramma della percentuale di copertura e (3) un elenco di percentuale di identità e copertura (per
utilizzare in un grafico a dispersione).
uniqPolishes - Filtra tutti gli allineamenti per cDNA con più allineamenti (-uniq) o
con un unico allineamento (-dupl). Simile a uniq(1)
realignPolishes - ricalcola gli allineamenti elencati in un file sim4db.
reportAlignmentDifferences - genera un istogramma dei tipi di errori in un insieme di
allineamenti Non supportato ed deprecato
comparePolishes - Correla gli allineamenti in due file.
convertToAtac - Converte dal formato sim4db al formato ATAC.
detectChimera - Esamina gli allineamenti per le sequenze che potrebbero essere chimeriche.
mappedCoverage - Riporta la quantità della sequenza di query (EST, cDNA) coperta da
allineamenti.
parseSNP - Analizza gli allineamenti per gli SNP.
removeDuplicate: cerca nell'input allineamenti duplicati.
vennPolishes - Genera un diagramma di Venn per più file sim4db. Usato internamente by
ESTMapper pulitoLucidi
riepilogarePolacchi
DESCRIZIONE
Questi programmi sono una serie di utilità con cui lavorare sim4db(1) file di allineamento generati.
Usa convertToExtent online utilizzando i servizi onworks.net
