Questo è il comando delta-filter che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
delta-filter: legge un file di allineamento delta da nucmer o promer e filtra il file
allineamenti
SINOSSI
filtro delta [opzioni]
DESCRIZIONE
-1 Allineamento 1 a 1 che consente riarrangiamenti (intersezione di -r ed -q allineamenti)
-g Allineamento globale 1 a 1 che non consente riarrangiamenti
-h Visualizza le informazioni di aiuto
-i galleggiante
Imposta l'identità minima di allineamento [0, 100], predefinito 0
-l int Imposta la lunghezza minima dell'allineamento, predefinito 0
-m Allineamento molti-a-molti che consente riarrangiamenti (unione di -r ed -q allineamenti)
-q Mappa ciascuna posizione di ciascuna query al suo miglior successo nel riferimento, consentendo
sovrapposizioni di riferimento
-r Mappa ciascuna posizione di ciascun riferimento al suo miglior risultato nella query, consentendo
la query si sovrappone
-u float Imposta l'unicità minima dell'allineamento, ovvero la percentuale di
l'allineamento corrispondente al riferimento univoco E alla sequenza di query [0, 100], predefinito 0
-o galleggiante
Imposta la sovrapposizione massima di allineamento per -r ed -q opzioni come percentuale del
lunghezza di allineamento [0, 100], valore predefinito 100
-v Stampa gli allineamenti scartati invece di quelli che superano i filtri
-b Duplicazioni di mappe (XOR of -r ed -q allineamenti, l’uno o l’altro ma non entrambi)
Legge un file di allineamento delta da nucmer o promer e filtra gli allineamenti in base
sulle opzioni della riga di comando, lasciando solo gli allineamenti desiderati a cui viene inviato l'output
stdout nello stesso formato delta dell'input. Per più commutazioni, ordine delle operazioni
è il seguente: -i -l -u -q -r -g -m -1 -b. Se un allineamento è escluso da un precedente
operazione, verrà ignorata dalle operazioni successive.
Una distinzione importante tra il -g opzione e il -1 ed -m opzioni è quello -g
richiede che gli allineamenti siano reciprocamente coerenti nel loro ordine, mentre il -1 ed -m
non è necessario che le opzioni siano reciprocamente coerenti e quindi tollerino le traslocazioni,
inversioni, ecc. In casi generali, il -m l'opzione è comunque la scelta migliore -1 può essere
utile per applicazioni come la ricerca SNP che richiedono una mappatura 1 a 1. Infine, per
mappatura di query contig o sequenziamento di letture su un genoma di riferimento, utilizzare -q.
duplicazioni stampate con il -b l'opzione sono -r ed -q allineamenti che non sono presenti in
l'allineamento 1 a 1. Questi allineamenti sono anche la differenza tra -1 ed -m
allineamenti
Utilizza il filtro delta online utilizzando i servizi onworks.net
