Questo è il comando delta2blocks che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
delta2blocks - strumento extra per mummer da patch of mugsy per ordinare gli allineamenti
delta2maf - strumento extra per mummer da patch of mugsy per ordinare gli allineamenti
SINOSSI
delta2blocchi [opzioni]<rifID><chiediID>
delta2mf [opzioni]<rifID><chiediID>
DESCRIZIONE
-h Visualizza le informazioni di aiuto
-q Ordina gli allineamenti in base alla coordinata di inizio della query
-r Ordina gli allineamenti in base alla coordinata iniziale di riferimento
-w int Imposta la larghezza dello schermo - il valore predefinito è 60
-x int Imposta il tipo di matrice: il valore predefinito è 2 (BLOSUM 62), le altre opzioni includono 1 (BLOSUM 45)
e 3 (BLOSUM 80)
nota: ha effetto solo sugli allineamenti degli amminoacidi
L'input è l'output .delta del programma "nucmer" o "promer" passato al
riga di comando.
L'output è su stdout e consiste in tutti gli allineamenti tra la query e il riferimento
sequenze identificate sulla riga di comando.
NOTA: per impostazione predefinita non viene eseguito alcun ordinamento, pertanto gli allineamenti verranno ordinati come trovato in
il ingresso.
Usa delta2blocks online utilizzando i servizi onworks.net
