fdk - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

fdk - ricostruzione cone-beam da proiezioni utilizzando l'algoritmo FDK

Il termine FDK si riferisce agli autori Feldkamp, ​​Davis e Kress che hanno scritto il documento seminale
"Pratico algoritmo cone-beam" nel 1984. Il loro articolo descrive una retroproiezione filtrata
algoritmo di ricostruzione per geometrie cone-beam. Il programma fdk in plastimatch è un
implementazione dell'algoritmo FDK.

FDK USO

Il programma fdk prende una directory di immagini di proiezione 2D come input e genera un singolo
Volume 3D come output.

L'utilizzo della riga di comando è:

Uso: fdk [opzioni]
Opzioni:
-A hardware O "cpu" o "cuda" (default=cpu)
-a "num ((num) num)" Usa questo intervallo di immagini
-r "r1 r2 r3" Imposta la risoluzione di uscita (in voxel)
-f filter O "none" o "ramp" (default=ramp)
-s scale Ridimensiona l'intensità del file di output
-z "s1 s2 s3" Dimensione fisica della ricostruzione (in mm)
-I indir La directory di input
-O outfile Il file di output

L'utilizzo del programma fdk si comprende meglio seguendo i tutorial:
fdk_tutorial_i ed fdk_tutorial_ii.

INGRESSO FILE

Sono supportati tre diversi formati di file di input. Questi sono:

· File immagine in formato Pfm con file txt geomtry

· File immagine in formato raw con file txt geomtry

· File manuali Varian

I file pfm e raw sono simili, in quanto memorizzano l'immagine come un array di 4 byte
galleggianti little-endian. L'unica differenza è che il file pfm ha un'intestazione che memorizza
la dimensione dell'immagine e il file raw no.

Ogni file pfm o immagine raw deve avere un file di geometria nella stessa directory con il .txt
estensione. Ad esempio, se vuoi usare image_0000.pfm in una ricostruzione, dovresti
fornire un altro file image_0000.txt che contenga la geometria. Una breve descrizione di
il formato del file di geometria è dato in formato_file_proj_mat.

La sequenza di file dovrebbe essere memorizzata con il modello:
XXXXYYYY.ZZZ

dove XXXX è un prefisso, YYYY è un numero e .ZZZ è l'estensione di un tipo noto
(sia .hnd, .pfm o .raw).

Ad esempio, il seguente sarebbe un buon layout di directory per i file pfm:

File/immagine_00.pfm
File/immagine_00.txt
File/immagine_01.pfm
File/immagine_01.txt
ecc ..

I file Varian hnd dovrebbero essere salvati nel layout originale. Per esempio:

File/ProjectionInfo.xml
File/Scan0/Proj_0000.hnd
File/Scan0/Proj_0001.hnd
ecc ..

Non sono necessari file txt di geometria per ricostruire dal formato Varian hnd.

IMMAGINE GEOMETRIA

Per impostazione predefinita, quando si genera un DRR, l'immagine è orientata come se la sorgente di raggi X virtuale
erano una macchina fotografica. Ciò significa che per un film laterale destro, le colonne dell'immagine vanno da
inf a sup, e le righe vanno da ant a post. Il sistema Varian OBI produce file HND,
che sono orientati in modo diverso. Per un film laterale destro, le colonne delle immagini HND vanno
da ant a post, e le righe vanno da sup a inf. Viene mostrata un'illustrazione di questa idea
nella figura sottostante.
[immagine] Geometria dei file Varian HND.UNINDENT

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