Questo è il comando fitgcp che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
fitgcp: adatta miscele di distribuzioni di probabilità ai profili di copertura del genoma
SINOSSI
fitgcp [Opzioni] NOME
DESCRIZIONE
Adatta miscele di distribuzioni di probabilità ai profili di copertura del genoma utilizzando un tipo EM
algoritmo iterativo.
Lo script utilizza un file SAM come input e analizza le informazioni di mappatura e crea un file
Profilo di copertura del genoma (GCP). Il GCP viene scritto in un file, in modo tale che questo passaggio possa essere
saltato la prossima volta. L'utente fornisce un modello misto adattato al GCP.
Inoltre, l'utente può specificare i parametri iniziali per ciascun modello.
Come output, lo script genera un file di testo contenente il set finale di parametri di adattamento e
ulteriori informazioni sul processo di adattamento. Un file di registro contiene il set corrente
di parametri in ogni passo dell’iterazione. Se richiesto, un grafico del GCP e del
È possibile creare distribuzioni adattate.
VERSIONI
NOME: Nome del file SAM da analizzare.
-h, --Aiuto
mostra questo messaggio di aiuto ed esci
-d DISTRIBUZIONE, --distribuzioni=DISTRIBUZIONE
Distribuzioni da adattare. z->zero; n: nbinom (MOM); N: nbinom (MLE); p:binomio; t: coda.
Predefinito: zn
-i PASSI, --iterazioni=PASSI
Numero massimo di iterazioni. Predefinito: 50
-t THR, --soglia=THR
Imposta la soglia di convergenza per l'iterazione. Fermati se il cambiamento tra due
iterazioni è inferiore a THR. Impostazione predefinita: 0.01
-c TAGLIARE, --tagliare=TAGLIATO FUORI
Specifica un quantile di interruzione della copertura tale che solo i valori di copertura inferiori a questo
vengono considerati i quantili Impostazione predefinita: 0.95
-p, --complotto
Creare un grafico del modello di miscela adattato. Predefinito: falso
-m SIGNIFICARE, --significa=SIGNIFICARE
Specifica i valori iniziali per la media di ciascun Poisson o binomio negativo
distribuzione. Utilizzo: -m 12.4 -m 16.1 specificherà le modalità per i primi due
distribuzioni diverse da zero/coda. Il valore predefinito viene calcolato dai dati.
-a ALFA, --alfa=ALPHA
Specifica i valori iniziali per la proporzione alfa di ciascuna distribuzione. Utilizzo:
Per tre distribuzioni -a 0.3 -a 0.3 specifica le proporzioni 0.3, 0.3 e 0.4.
L'impostazione predefinita prevede proporzioni uguali per tutte le distribuzioni.
-l, --tronco d'albero
Abilita la registrazione. Predefinito: falso
--Visualizza Visualizza solo il GCP. Non adattarsi a nessuna distribuzione. Rispetta il limite (-c). Predefinito:
Falso
Utilizza fitgcp online utilizzando i servizi onworks.net
