Questo è il comando fitgcp che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre numerose workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, l'emulatore online di Windows o l'emulatore online di MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
fitgcp - adatta miscele di distribuzioni di probabilità ai profili di copertura del genoma
SINOSSI
fitgcp [Opzioni] NOME
DESCRIZIONE
Adatta miscele di distribuzioni di probabilità ai profili di copertura del genoma utilizzando un EM-like
algoritmo iterativo.
Lo script utilizza un file SAM come input e analizza le informazioni di mappatura e crea un
Profilo di copertura del genoma (GCP). Il GCP viene scritto in un file, in modo che questo passaggio possa essere
saltato la volta successiva. L'utente fornisce un modello di miscela adattato al GCP.
Inoltre, l'utente può specificare i parametri iniziali per ciascun modello.
Come output, lo script genera un file di testo contenente il set finale di parametri di adattamento e
informazioni aggiuntive sul processo di adattamento. Un file di registro contiene il set corrente
di parametri in ogni passaggio dell'iterazione. Se richiesto, un grafico del GCP e del
è possibile creare distribuzioni adattate.
VERSIONI
NOME: Nome del file SAM da analizzare.
-h, --Aiuto
mostra questo messaggio di aiuto ed esci
-d DISTRIBUZIONE, --distribuzioni=DISTRIBUZIONE
Distribuzioni da adattare. z->zero; n: nbinom (MOM); N: nbinom (MLE); p:binom; t: coda.
Predefinito: zn
-i PASSI, --iterazioni=FASI
Numero massimo di iterazioni. Predefinito: 50
-t THR, --soglia=THR
Imposta la soglia di convergenza per l'iterazione. Interrompi se la variazione tra due
le iterazioni sono inferiori a THR. Predefinito: 0.01
-c TAGLIARE, --tagliare=TAGLIATO FUORI
Specifica un quantile di cutoff di copertura in modo che solo i valori di copertura al di sotto di questo
vengono considerati i quantili. Predefinito: 0.95
-p, --complotto
Crea un grafico del modello di miscela adattato. Predefinito: Falso
-m SIGNIFICARE, --significa=SIGNIFICARE
Specifica i valori iniziali per la media di ogni Poisson o binomiale negativo
distribuzione. Utilizzo: -m 12.4 -m 16.1 specificherà i mezzi per i primi due
distribuzioni diverse da zero/a coda. Il valore predefinito viene calcolato dai dati.
-a ALFA, --alfa=ALPHA
Specifica i valori iniziali per la proporzione alfa di ciascuna distribuzione. Utilizzo:
Per tre distribuzioni -a 0.3 -a 0.3 specifica le proporzioni 0.3, 0.3 e 0.4.
L'impostazione predefinita prevede proporzioni uguali per tutte le distribuzioni.
-l, --tronco d'albero
Abilita la registrazione. Predefinito: Falso
--Visualizza Visualizza solo il GCP. Non si adatta ad alcuna distribuzione. Rispetta il cutoff (-c). Predefinito:
Falso
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