fmcs - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

fmc - fmcs

DESCRIZIONE

utilizzo: fmcs [-h] [--maximize {atomi, legami}] [--min-num-atomi INT]

[--compare {topology,elements,types}] [--atom-compare {qualsiasi,elementi,isotopi}]
[--bond-compare {any,bondtypes}] [--tag-class-atom-tag] [--ring-matches-ring-only]
[--complete-ring-only] [--select SELECT] [--timeout SECONDI] [--output FILENAME]
[--output-format {smarts,framment-smiles,fragment-sdf,complete-sdf}] [--output-all]
[--tag-save-atom-class-tag] [--tag-save-counts-tag] [--tag-save-atom-indices-tag]
[--save-smarts-tag TAG] [--save-smiles-tag TAG] [--times] [-v] [--version] nome file

Trova la sottostruttura comune massima di un insieme di strutture

posizionale argomenti:
Nome del file
File SDF o SMILES

opzionale argomenti:
-h, --Aiuto
mostra questo messaggio di aiuto ed esci

--massimizza {atomi, legami}
Massimizza il numero di "atomi" o "legami" nell'MCS. (Predefinito: obbligazioni)

--min-num-atomi INT
Numero minimo di atomi nell'MCS (predefinito: 2)

--confrontare {topologia,elementi,tipi}
Usa 'topologia' come scorciatoia per '--atom-compare any --bond-compara qualunque',
'elements' è '--atom-compare elements --bond-compara any', e 'types' is
'--atomcompare elementi --bond-compara bondtypes' (predefinito: tipi)

--atomo-compara {qualsiasi,elemento,isotopo}
Specificare il metodo di confronto degli atomi. Con "qualsiasi", ogni atomo corrisponde a ogni altro
atomo. Con "elementi", gli atomi corrispondono solo se contengono lo stesso elemento. Insieme a
'isotopi', gli atomi corrispondono solo se hanno lo stesso numero di isotopi; elemento
le informazioni vengono ignorate, quindi [5C] e [5P] sono identici. Questo può essere usato per
implementare la tipizzazione dell'atomo definita dall'utente. (Predefinito: elementi)

--bond-compara {qualsiasi, tipo di legame}
Specificare il metodo di confronto delle obbligazioni. Con "qualsiasi", ogni legame corrisponde a ogni altro
legame. Con i "tipi di obbligazioni", le obbligazioni sono le stesse solo se i loro tipi di obbligazioni sono gli stessi.
(Predefinito: tipi di obbligazioni)

--tag-classe-atomo TAG
Usa le assegnazioni di classe atomo dal campo 'TAG'. I dati del tag devono contenere uno spazio
elenco separato di interi nell'intervallo 1-10000, uno per ogni atomo. Gli atomi sono
identici se e solo se le loro classi di atomi corrispondenti sono le stesse. Notare che
'003' e '3' sono trattati come valori identici. (Non utilizzato per impostazione predefinita)

--ring-match-solo-anello
Modifica il confronto dei legami in modo che i legami ad anello corrispondano solo ai legami ad anello e ai legami a catena
corrispondono solo ai legami a catena. (Gli atomi ad anello possono ancora corrispondere ad atomi non ad anello.)

--solo-anelli-completi
Se un legame è un legame ad anello nelle strutture di input e un legame è nel MCS allora il
legame deve essere anche in un anello nel MCS. Selezionando questa opzione si abilita anche
--ring-match-solo-anello.

--Selezionare SELEZIONA
Selezionare un sottoinsieme dei record di input da elaborare. Esempio: 1-10,13,20,50- (Predefinito:
'1-', che seleziona tutte le strutture)

--tempo scaduto SECONDI
Segnala la soluzione migliore dopo aver eseguito per al massimo secondi di 'timeout'. Usa "nessuno"
per nessun timeout. (Predefinito: nessuno)

--produzione NOME DEL FILE, -o NOME DEL FILE
Scrivi i risultati su FILENAME (predefinito: usa stdout)

--formato di output {intelligente, frammento-sorrisi, frammento-sdf, complete-sdf}
'smarts' scrive il modello SMARTS, inclusi i criteri dell'atomo e del legame.
'fragment-smiles' scrive un frammento corrispondente come una stringa SMILES. 'frammento-sdf'
scrive un frammento corrispondente come file SD; vedere --salva-classe-atom per i dettagli su come
le informazioni sulla classe dell'atomo vengono salvate. 'complete-sdf' scrive l'intero file SD con il
informazioni sui frammenti memorizzate nel tag specificato da --salva-frammento-indice-tag.
(Predefinito: intelligente)

--output-tutto
Per impostazione predefinita, i formati di output della struttura mostrano solo un MCS per il primo input
struttura. Se questa opzione è abilitata, un MCS per tutte le strutture è
mostrato.

--salva-tag-classe-atom TAG
Se vengono specificate le classi di atomi (tramite --tag-classe) e il formato di output è
'fragment-sdf' quindi salva le classi atomiche della sottostruttura nel tag TAG, in frammento
ordine dell'atomo. Per impostazione predefinita questo è il valore di --atomclass-tag.

--salva-conta-tag TAG
Salva il conteggio dei frammenti, il conteggio degli atomi e il conteggio dei legami nel tag SD specificato come
interi separati da spazi, come '1 9 8'. (Il conteggio dei frammenti non sarà maggiore di
1 finché fmcs non supporta MCS disconnessi.)

--save-atom-indici-tag TAG
Se vengono specificate le classi di atomo e il formato di output è 'complete-sdf', salva il file
Indici atomici del frammento MCS al tag TAG, nell'ordine MCS. (Predefinito: mcs-atomindices)

--salva-smarts-tag TAG
Salva MCS SMARTS nel tag SD specificato. Usa '-' se non c'è MCS

--salva-tag-sorrisi TAG
Salva il frammento SMILES nel tag SD specificato. Usa '-' se non c'è MCS

--volte
Stampa le informazioni sui tempi su stderr

-v, --verboso
Stampa le statistiche di avanzamento su stderr. Utilizzare due volte per una maggiore verbosità.

--versione

Per maggiori dettagli su queste opzioni, vedere https://bitbucket.org/dalke/fmcs/

Usa fmcs online utilizzando i servizi onworks.net