volpe - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

fox - determinazione della struttura ab-initio dai dati di diffrazione

SINOSSI

volpe [Opzioni] [file.xml]

DESCRIZIONE

I volpe (Free Objects for Crystallography) è stato creato per il cristallo ab initio
soluzione della struttura dai dati di diffrazione. Le sue caratteristiche più interessanti per ab initio
determinazione della struttura sono:

* descrizione versatile del contenuto di cristallo;

* correzione automatica per posizioni speciali e atomi condivisi tra poliedri;

* la capacità di utilizzare contemporaneamente più modelli di polvere;

* algoritmi intelligenti di ottimizzazione globale;

* un'interfaccia grafica con una vista della struttura cristallina 3D e aggiornamenti in tempo reale durante il
processo di ottimizzazione.

VERSIONI

Questo programma può essere eseguito con o senza opzioni della riga di comando o file di input (file.xml).
Segue la consueta sintassi della riga di comando GNU, con opzioni lunghe che iniziano con due trattini
(`-'). Di seguito è riportato un riepilogo delle opzioni. Per una descrizione completa, vedere la volpe
wiki http://objcryst.sourceforge.net/Fox/Manual

--Aiuto Mostra il riepilogo delle opzioni.

--loadfouriergrd mappa.grd
Carica e visualizza la mappa di Fourier 'map.grd' con (prima) struttura cristallina

--loadfourierdsn6 mappa.DN6
Carica e visualizza una mappa di Fourier DSN6 con (prima) struttura cristallina

--nogui
Esegui senza GUI, avvia automaticamente l'ottimizzazione --nogui può essere accompagnato da
le seguenti opzioni:

-n 10000
Esegui per un massimo di 10000 prove (predefinito: 1000000)

--nbruna 5
Esegui 5 esecuzioni, randomizzando prima di ogni esecuzione (predefinito: 1), usa -1 per eseguire indefinitamente

-o fuori.xml
Uscita in 'out.xml'

--rendi casuale
Randomizza la configurazione iniziale

--silenzioso
Produrre (quasi) nessun output di testo

--costo finale 0.15
Esegui l'ottimizzazione fino al costo < 0.15

--cif2modello 1.5406 170 5000 .1
Simula il modello per il cristallo di ingresso, lunghezza d'onda = 1.5406 fino a 170° con 500 punti
e un'ampiezza del picco di 0.1°

ESEMPI

Volpe silicone.xml
Carica il file 'silicon.xml' e avvia la GUI.

Volpe Cimetidina-polvere.xml --nogui --rendi casuale -n 1000000 -o migliore.xml
Carica il file 'ktartrate.xml', randomizza, quindi esegui 1 ottimizzazione di 1 milione di prove,
e salva la migliore struttura in 'best.xml'.

Volpe Cimetidina-polvere.xml --nogui --rendi casuale -n 10000000 --nbruna 10 -o migliore.xml
Carica il file 'Cimetidine-powder.xml', quindi esegui 10 corse (a partire da una casuale
struttura) di 10 milioni di prove (ogni esecuzione salva un file xml) e salva il meglio
struttura in 'best.xml'.

Volpe Cimetidina-polvere.xml --nogui --silenzioso --rendi casuale -n 10000000 --nbruna 10 --costo finale
200000 -o migliore.xml
Carica il file "Cimetidine-powder.xml", quindi esegui 10 esecuzioni silenziose di 10 milioni di prove
(ogni esecuzione salva un file xml) e salva la migliore struttura in 'best.xml'. Per ciascuno
l'esecuzione, l'ottimizzazione si interrompe se il costo scende al di sotto di 200000.

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