freecontact - Online nel Cloud

PROGRAMMA:

NOME

freecontact - predittore rapido di contatto proteico

SINOSSI

contatto libero [OPZIONE]

freecontact --parprof [evfold|psicov|psicov-sd] < allineamento.aln > contatti.out

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' <align.fa | contatto libero
--parprof evfold > contatti.out

contatto libero --ali=ALIFILO --apply-gapth=BOOL --clustpc=NUM --densità=NUM --cov20=BOOL
--estima-ivcov=BOOL --spazio=NUM --icme-timeout=NUM --formato-input=[piatto|xml]
--mincontsep=NUM --output-formato=[evfold|pfrmat_rr|bioxsd] --pseudocnt=NUM
--pscount-peso=NUM --rho=NUM --thread=NUM --veczw=BOOL

freecontact --help --debug --quiet --version

DESCRIZIONE

FreeContact è un predittore di contatto residuo proteico ottimizzato per la velocità. GratuitoContatto può
fungere da drop-in accelerato per i predittori di contatto pubblicati EVfold-mfDCA di
DS. Marks et al. (2011) [1], e PSICOV di D. Jones et al. (2011) [2].

FreeContact è accelerato da una combinazione di istruzioni vettoriali, thread multipli e
implementazione più rapida delle parti chiave. A seconda dell'allineamento, accelerazioni di 8 volte o più
sono possibili.

Per ottenere risultati significativi è necessario un allineamento sufficientemente ampio. Come minimo, an
allineamento con un conteggio di sequenza effettivo (ponderato) maggiore della lunghezza del
deve essere utilizzata la sequenza di query. Allineamenti con decine di migliaia di sequenze (efficaci)
sono considerati un buon input.

jackhmmer(1) o hblits(1) può essere utilizzato per generare gli allineamenti, ad esempio.

[1] PLoS Uno. 2011;6(12):e28766. doi: 10.1371/journal.pone.0028766. Epub 2011 7 dic.
Struttura 3D della proteina calcolata dalla variazione della sequenza evolutiva. Marks DS, Colwell LJ,
Sheridan R, Hopf TA, Pagnani A, Zecchina R, Sander C.

[2] Bioinformatica. 2012 gennaio 15;28(2):184-90. Epub 2011 Nov 17. PSICOV: preciso
previsione del contatto strutturale utilizzando la stima della covarianza inversa sparsa su un multiplo grande
allineamenti di sequenza Jones DT, Buchan DW, Cozzetto D, Pontil M.

Ingresso
Sono supportati i seguenti formati:

piatto
Viene utilizzato il seguente formato di file di input semplice:

# inizio query=5
# query=QUERYwithinsertionSEQUENCEWITHNOGAPSORINSERTIONS
SEQUENZA DI QUERY CON GAPSO INSERZIONI
-ALLINEATO---SEQUENZA--CON-GAP-----
UN'ALTRA-ALLINEATA------------SEQUENZA

Le righe di intestazione '#' sono facoltative. Le righe di intestazione vengono utilizzate per calcolare il residuo di contatto
numeri e per cercare i rispettivi residui di query per determinati formati di output.

Se non è definita alcuna query, la prima sequenza nell'allineamento viene utilizzata come query
sequenza. La sequenza di query non deve contenere spazi nell'allineamento.

Tutte le righe di allineamento devono avere la stessa lunghezza e possono contenere solo
[ABCDEFGHHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ-]. [B] è mappato su [D], [Z] è mappato su [E], [JOUX] sono
mappato su [X]. [X] corrisponde solo a se stesso per l'intero programma.

Gli allineamenti di input A2M possono essere convertiti nel formato sopra utilizzando
/usr/share/freecontact/a2m2aln. a2m2aln può essere utilizzato per convogliare direttamente l'allineamento
in contatto libero.

xml Documento XML con unohttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
elemento, definito nello schema FreeContact [4] derivato da BioXSD [5].

Esempio: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml.

Uscita
Il formato di output originale EVfold-mfDCA o PSICOV viene utilizzato per impostazione predefinita quando il rispettivo
il profilo del parametro è selezionato.

evfold (EVfold-mfDCA)
5K 6L 0.332129 3.59798
| | | | | + punteggio contatto normato corretto (CN)
| | | | + punteggio di informazione reciproca (MI)
| | | + contatto codice residuo amminoacidico
| | + contatto numero residuo
| + contatto codice residuo amminoacidico
+ contatto numero residuo

I contatti sono ordinati per numero residuo.

pfrmat_rr (PSICOV)
Formato CASP di previsione della separazione residuo-residuo (PFRMAT RR) [3]:

55 67 0 8 10.840280
| | | | + punteggio contatto
| | +-+ intervallo [Å] della distanza Cb-Cb prevista per la coppia di residui
| | (C-alfa per glicine)
| | Questi due campi sono invarianti nell'output.
| + contatto numero residuo
+ contatto numero residuo

I contatti sono ordinati per punteggio, decrescente.

[3]http://predictioncenter.org/casp10/index.cgi?pagina=formato>

bioxd
Documento XML con unohttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
elemento, definito nello schema FreeContact [4] derivato da BioXSD [5].

Esempio: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.evfold.50.xml.

Nota: poiché BioXSD è in fase di sviluppo attivo in collaborazione con FreeContact, il
Lo schema di FreeContact può effettivamente essere derivato da una versione non ancora disponibile in [5].

[4]

[5]http://bioxsd.org>

L'output potrebbe non elencare tutti i contatti possibili.

BIBLIOGRAFIA

Inviato. FreeContact: previsione del contatto diretto residuo-residuo rapida e gratuita.
Kaján L, Sustik MA, Marks DS, Hopf TA, Kalaš M, Rost B.

VERSIONI

-a [ --threads] argomento
Discussioni da usare [0-). 0 significa tanti quanti core.

--apply-gapth argomento
Se vero, escludi colonne e righe di residui con una frequenza di gap ponderata > --gap
dalla matrice di covarianza [Booleana].

-c [ --clustpc ] argomento
Percentuale di raggruppamento BLOSUM [0-100].

--cov20 argomento
Se è vero, lascia un amminoacido fuori dalla matrice di covarianza, rendendolo non sovradeterminato
[Booleano].

-d [ --densità ] argomento
Densità matrice di precisione target [0-1]. Set 0 per non controllare la densità.

- debug
Attiva il debug.

--estima-ivcov argomento
Utilizzare la stima della matrice di covarianza inversa invece dell'inversione della matrice [Boolean].

-f [ --ali ] argomento (=-)
File di allineamento [percorso]. Se '-', input standard. Predefinito: '-'.

-g [ --gapth ] argomento
Soglia di frequenza gap ponderata (0-1]).

-h [--aiuto]
Produci questo messaggio di aiuto.

-i [ --input-format ] arg (= piatto)
Formato di input [flat|xml].

--icme-timeout argomento (=1800)
Timeout di stima della matrice di covarianza inversa in secondi [0-). Applicato ad ogni versione
chiamare in autonomia. Se si verifica un timeout, il programma esce con status 2.

--mincontsep argomento
Separazione minima delle coppie di residui a contatto in sequenza data in amminoacidi come
(ji>=arg). 1 per residui adiacenti. [1-).

-o [ --output-format ] argomento
Formato di output [evfold|pfrmat_rr|bioxsd].

--parprof argomento (=predefinito)
Profilo del parametro (opzionale) [default|evfold|psicov]. Il profilo predefinito è evfold.

Gli argomenti della riga di comando possono essere utilizzati per sovrascrivere i valori del profilo.

evfold
Attiva la modalità di compatibilità EVfold-mfDCA [1].

psicov
Attiva la modalità di compatibilità PSICOV [2].

psicov-sd
Attiva la modalità predefinita sensibile di PSICOV [2]: rho predefinito fisso, nessun controllo della densità.

-w [ --pscount-weight ] argomento
Peso pseudoconte [0-1].

-p [ --pseudocnt ] argomento
Pseudoconte [0-).

--pepe
Stampa parametri effettivi su errore standard. Usa questa opzione per vedere quali parametri
contatto libero(1) viene eseguito con in dettaglio. Ciò è particolarmente utile quando il --parprof
opzione viene utilizzata in combinazione con altre opzioni.

--rho argomento
Valore iniziale del parametro di regolarizzazione Glasso [0-). Se negativo, scegli valore
automaticamente.

--quiet argomento (=0)
Stampa nient'altro che messaggi di errore sull'errore standard. Non influisce - debug.

--veczw argomento
Usa la ponderazione della sequenza vettorizzata quando disponibile [Boolean].

--versione
Versione stampabile.

EXIT STATUS

0 Nessun errore - successo.

1 Errore non specificato.

2 Un timeout (vedi --icme-timeout) si è verificato.

ESEMPI

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.fa' | \
contatto libero --parprof evfold > PF00071_v25_1000.evfold

freecontact --parprof evfold -i xml -o bioxsd < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml' > PF00071_v25_1000.evfold.xml

freecontact --parprof psicov < /usr/share/doc/freecontact/examples/demo_1000.aln > demo_1000.psicov

NOTE

Per prestazioni ottimali, utilizzare il software di algebra lineare sintonizzato automaticamente (ATLAS)
biblioteca compilato on , il macchina dove viene eseguito freecontact.

Usa freecontact online utilizzando i servizi onworks.net