frendp - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

frend.pl -- Rendering di un file di funzionalità Bio::Graphics sul web

SINOSSI

http://your.host.com/cgi-bin/frend.pl

DESCRIZIONE

Lo script frend.pl è un sottile front-end attorno al modulo Bio::Graphics. Accetta un
elenco di file che contengono le coordinate della sequenza (proteina, nucleotide) dal
file elencati sulla riga di comando o sullo standard input, li rende e produce un PNG
file sullo standard output.

MONTAGGIO

Copia questo script nella directory cgi-bin del tuo sito web. Chiamalo come vuoi.

caratteristica File Formato

Questo script accetta ed elabora annotazioni di sequenza in un semplice formato delimitato da tabulazioni o
in formato GFF.

Il formato del file delle caratteristiche ha una sezione di configurazione e una sezione di dati. La configurazione
sezione imposta la dimensione e le proprietà complessive dell'immagine, e la sezione dati dà
i dati della caratteristica stessa.

Configurazione Sezione
Se non fornito, questo script genera una sezione di configurazione predefinita ragionevole per
te, quindi non è necessario fornire una sezione di configurazione per ottenere un'immagine ragionevole.
Tuttavia, per regolare l'aspetto dell'immagine, probabilmente vorrai modificare il
configurazione. Ecco un estratto dalla sezione di configurazione:

# file di esempio
[generale]
basi = -1000..21000
altezza = 12

[EST]
glifo = segmenti
bgcolor= giallo
connettore = solido
altezza = 5

[FGENI]
glifo = trascrizione2
bgcolor = verde
descrizione = 1

La sezione di configurazione è divisa in un insieme di sezioni, ciascuna etichettata con a
[titolo della sezione]. La sezione [generale] specifica le opzioni globali per l'intera immagine.
Altre sezioni si applicano a particolari tipi di funzionalità. Nell'esempio sopra, la configurazione
nella sezione [EST] si applica alle funzioni etichettate come EST, mentre la configurazione nella
La sezione [FGENES] si applica alle caratteristiche etichettate come previsioni del gene FGENES
programma di previsione.

All'interno di ogni sezione c'è una serie di coppie nome=valore, dove il nome è il nome di an
opzione da impostare. Puoi mettere uno spazio vuoto attorno al segno = per renderlo più leggibile, o anche
usa i due punti (:) se preferisci. Vengono riconosciuti i seguenti nomi di opzioni:

Esempio di valore dell'opzione
------ ------------

basi Min & max del range di sequenza (bp) 1200..60000
larghezza larghezza dell'immagine (pixel) 600
altezza Altezza di ogni elemento grafico (pixel) 10
glifo Stile di ogni elemento grafico (vedi sotto) trascrizione
fgcolor Colore di primo piano di ogni elemento giallo
bgcolor Colore di sfondo di ogni elemento blu
linewidth Larghezza delle linee 3
label Stampa il nome dell'elemento 1
descrizione Se stampare la descrizione della funzione 0
bump Gli elementi non possono scontrarsi 1
ticks Stampa i segni di graduazione sulle frecce 1
connettore Tipo di connettore di gruppo (tratteggiato, cappello o pieno) tratteggiato

Le opzioni "basi" e "larghezza" sono rilevanti solo nella sezione [generale]. Loro sono
sovrascritto dalle opzioni della riga di comando omonime.

Il resto delle opzioni può essere posizionato in qualsiasi sezione, ma se presente nel
La sezione [generale] imposterà i valori predefiniti per gli altri.

I colori sono nomi di colori in lingua inglese o colori #RRGGBB in stile Web (vedi un libro sull'HTML
per una spiegazione). I valori vero/falso sono 1 per vero e 0 per falso. Gli intervalli numerici possono
essere espresso in modo start..end con due punti, o come start-end con un trattino.

L'opzione "glifo" controlla la modalità di rendering delle caratteristiche. I seguenti glifi sono
implementato:

Nome Descrizione
---- -----------

box Un rettangolo pieno, non direzionale.
ellisse Un ovale.
freccia Una freccia; può essere unidirezionale o
bidirezionale. È anche in grado di visualizzare
una scala con segni di graduazione maggiori e minori, e can
essere orientato orizzontalmente o verticalmente.
segmenti Un insieme di rettangoli pieni collegati da un solido
Linee. Utilizzato per funzioni interrotte, come
allineamenti gapped e gruppi di esoni.
trascrizione Simile ai segmenti, ma la linea di collegamento è
una forma a "cappello" e la direzione di
la trascrizione è indicata da una piccola freccia.
transcript2 Simile alla trascrizione, ma la direzione di
la trascrizione è indicata da un segmento terminale
a forma di freccia.
primer Due frecce rivolte verso l'interno collegate da una linea. Utilizzato per STS.

L'opzione rilievo è l'opzione più importante per controllare l'aspetto dell'immagine. Se impostato
su false (il numero 0), le caratteristiche possono sovrapporsi. Se impostato su true (il
numero 1), quindi le feature si sposteranno verticalmente per evitare collisioni. Se non specificato,
il rilievo è attivato se il numero di un dato tipo di funzione di sequenza è maggiore di 50.

Dati Sezione
La sezione dati può seguire o proseguire la sezione di configurazione. Le due sezioni possono
essere anche mescolato. La sezione dati è un file delimitato da tabulazioni o spazi bianchi che puoi
esportare da un'applicazione per fogli di calcolo o da un file di word processor (assicurarsi di salvare come testo
soltanto!)

Ecco una sezione dati di esempio:

Cosmid B0511. 516-619 Cosmid B0511 . 3185-3294 Cosmid
B0511. 10946-11208 Cosmid B0511 . 13126-13511 Cosmid
B0511. 66-208 Cosmide B0511 . 6354-6499 Cosmide B0511
. 13955-14115 EST yk595e6.5 + 3187-3294 EST yk846e07.3 -
11015-11208 EST yk53c10
yk53c10.5+18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800 EST yk53c10.5 +
16032-16105 SwissProt PECANEX + 13153-13656 Pesce svedese FGENESH "Gene
1" - 1-205,518-616,661-735,3187-3365,3436-3846 Dominio transmembrana
FGENESH "Gene 2" - 16626-17396,17451-17597 chinasi e domini di sushi

Ogni riga del file contiene cinque colonne. Le colonne sono:

Colonna # Descrizione
-------------------

1 tipo di caratteristica
2 nome della funzione
Filo 3
4 coordinate
5 descrizione

Tipo di caratteristica
Il tipo di caratteristica dovrebbe corrispondere a una delle intestazioni [tipo di caratteristica] nel
sezione di configurazione. In caso contrario, le opzioni [generali] verranno applicate al
caratteristica durante il rendering. Il nome della funzione è un nome per la funzione. Usare un "." o
"-" se questo non è rilevante. Se il nome contiene spazi bianchi, inserisci single o double
virgolette ("") intorno al nome.

Strand
Il filo indica su quale filo si trova la funzione. È uno dei "+" per l'attaccante
filo, "-" per il filo inverso, o "." per le caratteristiche che non sono bloccate.

Coordinate
La colonna delle coordinate è un insieme di uno o più intervalli occupati dall'elemento.
Gli intervalli sono scritti usando ".." come in start..stop, o con trattini, come in start-stop.
Per le funzionalità composte da più intervalli &em; per esempio trascrizioni che
hanno più esoni &em; puoi mettere gli intervalli sulla stessa riga separati da
virgole o spazi, oppure metti gli intervalli su singole righe e usa semplicemente la stessa funzione
nome e digitare per raggrupparli. Nell'esempio sopra, le funzioni Cosmid B0511 utilizzano il
stile di linea individuale, mentre le funzionalità FGENESH utilizzano tutte le gamme su una linea
stile.

Descrizione
L'ultima colonna contiene del testo descrittivo. Se l'opzione descrizione è impostata su
true, questo testo verrà stampato sotto la feature nel rendering.

Infine, è possibile raggruppare le funzionalità correlate. Un esempio sono gli EST
yk53c10.5 e yk53c10.3, che sono correlati essendo letti dalle due estremità del clone
yk53c10. Per indicare questa relazione, genera una sezione simile a questa:

EST yk53c10
yk53c10.5+18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800

Il gruppo è indicato da una riga che contiene solo due colonne contenenti la funzione
tipo e un nome univoco per il gruppo. Segui questa linea con tutte le caratteristiche che formano il
gruppo, ma lasciare vuota la prima colonna (il tipo di caratteristica). Il gruppo sarà reso da
tracciare una linea tratteggiata tra tutti i membri del gruppo. Puoi cambiarlo con
specificando un'opzione di connettore diversa nella sezione di configurazione per questa funzione
tipo.

Usa frendp online utilizzando i servizi onworks.net