Questo è il comando fsl-5.0-core che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
fsl - strumenti di analisi per l'imaging cerebrale FMRI, MRI e DTI
DESCRIZIONE
FSL è un toolkit completo per l'analisi dei dati di imaging medico del cervello. Esso
fornisce strumenti per la preelaborazione dei dati, l'estrazione del cervello, la registrazione delle immagini e un
ampio spettro di analisi statistiche. FSL fornisce una GUI facile da usare.
FSL richiede un numero di variabili di ambiente per essere impostato correttamente. Per realizzare questo,
si prega di procurarsi lo script di configurazione da /etc/fsl/5.0/fsl.sh. Un modo per farlo
automaticamente è aggiungere una riga contenente
. /etc/fsl/5.0/fsl.sh
al file .bashrc in una directory home degli utenti (o un file corrispondente per altre shell
di bash). Potrebbe essere necessario creare prima un file di questo tipo.
In alternativa, il pacchetto Debian installa i collegamenti simbolici per tutti gli strumenti FSL in / Usr / bin che
occuparsi di caricare automaticamente la configurazione appropriata. I nomi dei collegamenti simbolici sono
preceduto dal corrispondente FSL versione per evitare conflitti di nomi di file e consentire
più versioni per coesistere sullo stesso sistema. Ad esempio, il affettatrice il comando è
disponibile come affettatrice fsl5.0. Si prega di notare che per l'utilizzo FSL strumenti tramite questi collegamenti simbolici è
non necessario per eseguire la procedura di configurazione sopra descritta. Tuttavia, questa comodità
caratteristica è specifica per Debian. Script che utilizzano comandi FSL e sono destinati a essere condivisi
con gli altri dovrebbe fare affidamento su nomi di comandi senza prefisso e sulla variabile d'ambiente FSL
impostare.
I FSL l'interfaccia utente a volte fa riferimento a un FSLDIR. Sui sistemi Debian questo è
/usr/share/fsl/5.0 per FSL versione 5.0.
FSL la documentazione e la guida in linea sono fornite dal fsl-5.0-doc pacchetto.
Domande riguardanti l'uso di FSL o la teoria correlata può essere pubblicata sul FSL mailing
stratagemma (Vedi http://www.jiscmail.ac.uk/lists/fsl.html).
PARALLELIZZAZIONE
FSL può essere configurato per inviare lavori a un Sun Gridengine (SGE) in esecuzione. Anche se non tutti
la funzionalità implementata in FSL supporta questo tipo di parallelizzazione, la più impegnativa
strumenti di elaborazione (es. POSSUM e FDT) lo fanno.
FSL dovrebbe essere in grado di utilizzare SGE anche se la variabile di ambiente SGE_ROOT non è impostata, come in
il caso del pacchetto Debian di SGE. Per abilitare l'elaborazione batch è sufficiente impostare
FSLPARALLELO=1
nella shell in cui è in esecuzione FSL. Questo può essere abilitato in modo permanente in
/etc/fsl/5.0/fsl.sh
o caso per caso.
Usa fsl-5.0-core online utilizzando i servizi onworks.net
