Questo è il comando fuzznuce che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
fuzznuc - Ricerca di pattern nelle sequenze nucleotidiche
SINOSSI
fuzznuc -sequenza seguito -modello modello -complemento booleano -file di uscita rapporto
fuzznuc -Aiuto
DESCRIZIONE
fuzznuc è un programma a riga di comando di EMBOSS ("the European Molecular Biology Open
Suite Software”). Fa parte dei gruppi di comandi "Nucleic: Motifs".
VERSIONI
Ingresso pagina
-sequenza seguito
-modello modello
Vengono utilizzati i codici standard di una lettera IUPAC per i nucleotidi. Il simbolo 'n' è
utilizzato per una posizione in cui è accettato qualsiasi nucleotide. Le ambiguità sono indicate da
elencando i nucleotidi accettabili per una data posizione, tra parentesi quadre '[
]'. Ad esempio: [ACG] sta per A o C o G. Le ambiguità sono indicate anche da
elencare tra una coppia di parentesi graffe '{ }' i nucleotidi che non sono accettati
in una data posizione. Ad esempio: {AG} sta per tutti i nucleotidi eccetto A e G. Ciascuno
elemento in un modello è separato dal suo vicino da un '-'. (Facoltativo in fuzznuc).
La ripetizione di un elemento del pattern può essere indicata seguendo quell'elemento
con un valore numerico o un intervallo numerico tra parentesi. Esempi: N(3)
corrisponde a NNN, N(2,4) corrisponde a NN o NNN o NNNN. Quando un modello è
limitato all'estremità 5' o 3' di una sequenza, quel modello inizia con a
Simbolo '<' o termina rispettivamente con un simbolo '>'. Un punto chiude lo schema.
(Facoltativo in fuzznuc). Ad esempio, [CG](5)TG{A}N(1,5)C
Tecnologia pagina
-complemento booleano
Valore predefinito: N
Uscita pagina
-file di uscita rapporto
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