Questo è il comando gaeval che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
gaeval - calcola i punteggi di copertura e intergrity per i modelli genetici basati sulla trascrizione
allineamenti
SINOSSI
gaevale [Opzioni] allineamenti.gff3 geni.gff3 [moregenes.gff3 ...]
DESCRIZIONE
Opzioni di base:
-h|--aiuto
stampa questo messaggio di aiuto ed esci
-v|--versione
stampa il numero della versione ed esci
Pesi per il calcolo del punteggio di integrità (deve aggiungere fino a 1.0):
-a|--alpha: DOPPIA
introni confermati, o % lunghezza CDS attesa per geni a esone singolo; il valore predefinito è 0.6
-b|--beta: DOPPIA
copertura dell'esone; il valore predefinito è 0.3
-g|--gamma: DOPPIA
% lunghezza prevista 5' UTR; il valore predefinito è 0.05
-e|--epsilon: DOPPIA
% lunghezza prevista 3' UTR; il valore predefinito è 0.05
Lunghezze caratteristiche previste per il calcolo del punteggio di integrità:
-c|--exp-cd: INT
lunghezza prevista del CDS (in bp); il valore predefinito è 400
-5|--exp-5putr: INT
lunghezza prevista di 5' UTR; il valore predefinito è 200
-3|--exp-3putr: INT
lunghezza prevista di 3' UTR; il valore predefinito è 100
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