aglio - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

aglio - programma di visualizzazione molecolare

SINOSSI

aglio [vero aglio Opzioni] [X11 Opzioni] [Nome del file]

DESCRIZIONE

Questa pagina di manuale documenta brevemente aglio, un programma di visualizzazione molecolare gratuito.
Un'ampia documentazione in formato HTML e fonti può essere trovata a casa dell'aglio,
<URL:http://garlic.mefos.hr/garlic/>. Sede fisica: Facoltà di Medicina, Università
di Osijek, Croazia, Europa. Pacchetti precompilati per un certo numero di distribuzioni GNU/Linux
sono disponibili. Questi includono Debian, SuSE, Mandriva, Linspire e molti altri
distribuzioni. La documentazione HTML può essere scaricata e decompressa per uso locale (consigliato
utilizzo). Qui puoi trovare una brevissima descrizione del programma e la lista dei comandi
opzioni di linea.

aglio è un programma di visualizzazione molecolare originariamente scritto per lo studio di
proteine ​​di membrana. Ora può essere utilizzato per visualizzare e modificare facilmente tutte le proteine ​​e
molecole. Questa versione riconosce il formato PDB versione 2.1; vedere il file sorgente pdb_atom.c
per i dettagli su questo formato.

VERSIONI

Le opzioni della riga di comando possono essere divise in due gruppi: vero (specifica) aglio Opzioni ed X11
Opzioni. Le opzioni possono essere fornite in qualsiasi ordine. Tutte le opzioni e i valori predefiniti codificati sono
elencati nella tabella sottostante. Per ogni parametro, il valore definito tramite la riga di comando è
usato, se disponibile. In caso negativo, il valore definito in .agliorc viene utilizzato il file. Se .agliorc
file non è disponibile, o non c'è una voce corrispondente in questo file, l'hard-coded
viene utilizzato il valore predefinito. Il campione .agliorc il file incluso nel pacchetto originale contiene
i valori sono uguali ai valori predefiniti hardcoded.

aglio opzioni:
-H, --Aiuto
Stampa la guida ed esci.

-in, --versione
Stampa la versione ed esci.

-R, --Registrati
Registra aglio: informa l'autore che il tuo sito ha installato aglio e che qualcuno
utilizzerà questo programma. Registrandoti, incoraggi l'autore a
continuare lo sviluppo dell'aglio. Puoi anche aiutare l'autore a garantire il supporto per
ulteriori sviluppi. Questa opzione invia un breve messaggio di posta elettronica, contenente solo
l'intestazione del messaggio di posta elettronica e la parola 'Ciao!',a[email protected]>. Per favore
eseguire garlic -r se si intende utilizzare questo programma. Se non sei connesso a
Internet, prendi in considerazione l'invio di un breve messaggio da un altro sistema.

- ficcanaso Nascondi l'icona del sistema di coordinate (angolo in alto a sinistra).

-nessun controllo
Nascondi la finestra di controllo (angolo in alto a destra).

-stereo
Visualizza l'immagine stereo.

-lastra modo
Modalità lastra predefinita. Le modalità del solaio disponibili sono: off, planare (predefinito), sfera,
semisfera, cilindro e mezzo cilindro.

-dissolvenza modo
Modalità di dissolvenza del colore predefinita. Modalità disponibili: off, planare (predefinito), sfera,
semisfera, cilindro e mezzo cilindro.

-come numero
Stile di disegno dell'atomo predefinito (predefinito hardcoded: 2).

-bs numero
Stile di disegno del legame predefinito (predefinito hardcoded: 2).

-fs numero
Numero predefinito di superfici in dissolvenza di colore. Piani paralleli, sfere concentriche o
cilindri concentrici possono essere utilizzati come superfici sbiadite. Tre triplette RGB sono
assegnato a ciascuna superficie. Le superfici sono equidistanti; almeno uno e al massimo
otto dovrebbero essere definiti. Almeno tre colori (sinistra, centrale e destra) sono
assegnato a ciascun atomo visibile. Questi tre colori si basano sulla posizione di a
dato atomo rispetto alla(e) superficie(i) di dissolvenza(e) più vicina(e) e sui colori assegnati a
queste superfici. I colori vengono combinati utilizzando la ponderazione lineare.

-lc colore
Colore sinistro alla superficie i-esima; i è compreso tra zero e sette. La stringa di colore
dovrebbe essere compatibile con X11R5. Il blu, ad esempio, può essere definito blu o come
RGB:0000/0000/FFFF ecc. Ad esempio -lc4 RGB:BBBB/8888/4444 definisce il colore sinistro
alla superficie il cui indice è pari a quattro.

-mc colore
Colore medio alla superficie i-esima.

-rc colore
Colore giusto alla superficie i-esima.

-pc, --print-config
Stampa i dati di configurazione ed esci.

-pcn Stampa i nomi dei cursori su stdout ed esci.

-tronco d'albero file di log
Scrivi comandi e messaggi nel file di registro. Il file verrà creato nel corrente
directory di lavoro. Se ciò non è possibile, il file di registro verrà creato nella home degli utenti
directory.

X11 opzione:
-Schermo nome da visualizzare
X server da contattare.

-geometria geome
Geometria della finestra (impostazione predefinita: quasi l'intero schermo).

-bg colore
Colore di sfondo della finestra principale (l'impostazione predefinita è il nero).

-fg colore
Colore di primo piano della finestra principale (predefinito: bianco).

-fn nome del carattere
Carattere del testo; (l'impostazione predefinita è 10x20).

-TBG colore
Colore di sfondo del testo (l'impostazione predefinita è il nero).

-tfg colore
Colore del testo (il valore predefinito è bianco).

-cursore nomecursore
Nome del cursore; vedere /usr/include/X11/cursorfont.h per i nomi; rimuovere il prefisso XC_.

Usa l'aglio online utilizzando i servizi onworks.net