Questo è il comando geneparse-mpi che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
geneparse - frontend del caricatore di file di sequenza
SYNAPSE
geneparse [opzioni...] [input] [input2 ...] #leggi input e scrivi su stdout
DESCRIZIONE
Legge un file di sequenza e lo scrive da qualche parte (per impostazione predefinita su stdout).
Un intervallo specifico all'interno di un file di input può essere specificato da file[start,stop]. La piazza
le parentesi possono essere scambiate per qualsiasi tra {[()]}, (ad esempio "genome.fa[3000,4000]" o
"genoma.fa{3000~4000}"). Tieni presente che tutti questi potrebbero essere analizzati dalla tua shell. Anche
qualsiasi carattere non verbale può essere utilizzato per separare i numeri.
VERSIONI
--repeatmask|-r
utilizzare sequenze con maschera di ripetizione morbida (ad esempio: sostituire le basi minuscole con N).
--upper|--smaschera|-U
tutte le basi sono maiuscole.
--lunghezza|-l
basta stampare la lunghezza ed uscire
--pulito|-c
non aggiungere una nuova riga al termine
--versione|-V
stampa la versione del programma
--aiuto|-h
stampa un messaggio di aiuto
--output|-o
invia l'output a un file (altrimenti usa stdout). --output implica --clean.
--silenzioso|-q
silenziare tutti gli avvertimenti
--verboso|-v
stampa molti dettagli extra
Utilizza geneparse-mpi online utilizzando i servizi onworks.net
