Questo è il comando glam2 che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici postazioni di lavoro online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
glam2 - Allineamento locale con gap di motivi
SINOSSI
glamour2 [Opzioni] alfabeto my_seq.fa
Un alfabeto diverso da p or n viene interpretato come il nome di un file alfabetico.
DESCRIZIONE
GLAM2 è un pacchetto software per la ricerca di motivi in sequenze, tipicamente aminoacidi o
sequenze nucleotidiche. Un motivo è un modello di sequenza ricorrente: esempi tipici sono i
Scatola TATA e motivo di prenilazione CAAX. La principale innovazione di GLAM2 è che permette
inserzioni e delezioni nei motivi.
VERSIONI (PREDEFINITO IMPOSTAZIONI)
-h
Mostra tutte le opzioni e le loro impostazioni predefinite.
-o
File di uscita (stdout).
-r
Numero di corse di allineamento (10).
-n
Termina ogni esecuzione dopo questo numero di iterazioni senza miglioramenti (10000).
-2
Esaminare entrambi i fili: complemento diretto e inverso.
-z
Numero minimo di sequenze nell'allineamento (2).
-a
Numero minimo di colonne allineate (2).
-b
Numero massimo di colonne allineate (50).
-w
Numero iniziale di colonne allineate (20).
-d
File di miscela Dirichlet.
-D
Pseudocount di cancellazione (0.1).
-E
Pseudocount senza cancellazione (2.0).
-I
Pseudocount inserimento (0.02).
-J
Pseudocount senza inserimento (1.0).
-q
Peso per abbondanze di residui generici rispetto a sequenze-set-specifiche (1e + 99).
-t
Temperatura iniziale (1.2).
-c
Fattore di raffreddamento per n iterazioni (1.44).
-u
Limite inferiore della temperatura (0.1).
-p
Stampa le informazioni sullo stato di avanzamento ad ogni iterazione.
-m
Movimenti di campionamento delle colonne per spostamento di campionamento del sito (1.0).
-x
Algoritmo di campionamento del sito: 0=VELOCE 1=LENTO 2=FFT (0).
-s
Seme per numeri pseudo-casuali (1).
Usa glam2 online utilizzando i servizi onworks.net
