Questo è il comando gmod_gff3_preprocessor.plp che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre numerose workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online di Windows o emulatore online di MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
$0 - Prepara un file GFF3 per il caricamento in blocco in un database chado.
SINOSSI
% gmod_gff_preprocessor [opzioni] --gfffile
RIGA DI COMANDO VERSIONI
--gfffile Il file contenente GFF3 (facoltativo, può leggere
da stdin)
--outfile Il nome kernel che verrà utilizzato per nominare i file dei risultati
--splitfile Divide i file in blocchi più gestibili, fornendo
un argomento a favore della divisione del controllo
--onlysplit Dividi i file e poi esci (ovvero, non ordinarli)
--nosplit Non dividere i file (ovvero, ordina solo)
--hasrefseq Impostalo se il file contiene una riga di sequenza di riferimento
(Necessario solo se non si vogliono dividere i file)
--dbprofile Specifica un nome profilo gmod.conf (altrimenti usa default)
--inheritance_tiers Quanti livelli di ereditarietà ti aspetti da questo file?
avere (predefinito: 3)
DESCRIZIONE
splitfile -- Impostando semplicemente questo flag su 1 il file verrà diviso per riferimento
sequenza. Se si fornisce un argomento facoltativo, verrà ulteriormente suddiviso in base a
queste regole:
source=1 Divide i file in base al valore nella colonna sorgente
source=a,b,c Inserisce le righe con le fonti corrispondenti (tramite espressione regolare)
'a', 'b' o 'c' in un file separato
type=a,b,c Inserisce le righe con tipi che corrispondono a 'a', 'b' o 'c' in a
file separato
Ad esempio, se si desidera che tutti i risultati delle analisi vengano inseriti in un file separato, è necessario
potrebbe indicare '--splitfile type=match', e tutti i cDNA_match, EST_match e
Le caratteristiche cross_genome_match verrebbero inserite in file separati (separati dalla sequenza di riferimento).
inheritence_tiers -- Il numero di livelli di ereditarietà di questo file. Ad esempio, se
il file contiene geni "dogma centrale" (gene/mRNA/esone, polipeptide), quindi ne ha 3. Su
a 4 è supportato ma più alto è il numero, più le sue prestazioni sono lente. Se non lo fai
so che 3 è una stima ragionevole.
VELOCE sequenza
Se il file GFF3 contiene la sequenza FASTA alla fine, la sequenza verrà posizionata in un
file separato con estensione '.fasta'. Questo file fasta può essere caricato separatamente dopo
i file GFF3 divisi e/o ordinati vengono caricati utilizzando il comando:
gmod_bulk_load_gff3.pl -g
Utilizzare gmod_gff3_preprocessor.plp online utilizzando i servizi onworks.net
