Questo è il comando gmod_gff3_preprocessor.plp che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
$0 - Prepara un file GFF3 per il caricamento di massa in un database chado.
SINOSSI
% gmod_gff_preprocessor [opzioni] --gfffile
RIGA DI COMANDO VERSIONI
--gfffile Il file che contiene GFF3 (opzionale, può leggere
da stdin)
--outfile Il nome kernel che verrà utilizzato per denominare i file dei risultati
--splitfile Divide i file in blocchi più gestibili, fornendo
un argomento per controllare la scissione
--onlysplit Dividi i file e poi esci (cioè, non ordinare)
--nosplit Non dividere i file (cioè, solo ordina)
--hasrefseq Imposta questo se il file contiene una linea di sequenza di riferimento
(Necessario solo se non si dividono i file)
--dbprofile Specifica un nome profilo gmod.conf (altrimenti usa default)
--inheritance_tiers Quanti livelli di ereditarietà ti aspetti in questo file?
avere (predefinito: 3)
DESCRIZIONE
splitfile -- Basta impostare questo flag su 1 farà sì che il file venga diviso per riferimento
sequenza. Se fornisci un argomento facoltativo, verrà ulteriormente suddiviso in base a
queste regole:
source=1 Divide i file in base al valore nella colonna di origine
source=a,b,c Inserisce righe con sorgenti che corrispondono (tramite espressione regolare)
'a', 'b' o 'c' in un file separato
type=a,b,c Inserisce righe con tipi che corrispondono a 'a', 'b' o 'c' in un
file separato
Ad esempio, se desideri che tutti i risultati dell'analisi vengano inseriti in un file separato,
potrebbe indicare '--splitfile type=match' e tutti cDNA_match, EST_match e
le funzioni cross_genome_match andrebbero in file separati (separati per sequenza di riferimento).
inheritence_tiers -- Il numero di livelli di ereditarietà di questo file. Ad esempio, se
il file contiene geni "dogma centrale" (gene/mRNA/ esone, polipeptide), quindi ne ha 3. Su
a 4 è supportato ma più alto è il numero, più lentamente si comporta. Se non lo fai
so, 3 è un'ipotesi ragionevole.
VELOCE sequenza
Se il file GFF3 contiene la sequenza FASTA alla fine, la sequenza verrà posizionata in a
file separato con estensione '.fasta'. Questo file fasta può essere caricato separatamente dopo
vengono caricati i file GFF3 suddivisi e/o ordinati, utilizzando il comando:
gmod_bulk_load_gff3.pl -g
Usa gmod_gff3_preprocessor.plp online utilizzando i servizi onworks.net
