Questo è il comando gmx-confrms che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
gmx-confrms - Adatta due strutture e calcola l'RMSD
SINOSSI
gmx conferma [-f1 [<.tpr/.gro/...>]] [-f2 [<.gro/.g96/...>]]
[-n1 [<.ndx>]] [-n2 [<.ndx>]] [-o [<.gro/.g96/...>]]
[-al [<.ndx>]] [-[Ora] [-[nessuno] [-[no]mw] [-[no]pc]
[-[non]adatto] [-[senza nome] [-[senza etichetta] [-[no]bfac]
DESCRIZIONE
gmx conferma calcola la deviazione quadratica media (RMSD) di due strutture dopo
minimi quadrati adattando la seconda struttura alla prima. Le due strutture NON
devono avere lo stesso numero di atomi, solo i due gruppi indice utilizzati per l'adattamento devono
essere identico. Insieme a -nome verranno utilizzati solo i nomi di atomi corrispondenti dai gruppi selezionati
per il calcolo dell'adattamento e dell'RMSD. Questo può essere utile quando si confrontano mutanti di una proteina.
Le strutture sovrapposte vengono scritte su file. In un PDB file le due strutture saranno
scritti come modelli separati (usare rasmola -nmrpdb). Anche in a PDB file, fattori B calcolati
dall'MSD atomico i valori possono essere scritti con -bfac.
VERSIONI
Opzioni per specificare i file di input:
-f1 [<.tpr/.gro/...>] (conf1.gro)
Struttura+massa (db): tpr gro g96 PDB interruzione
-f2 [<.gro/.g96/...>] (conf2.gro)
Scheda struttura: gro g96 PDB brk ent esp tpr
-n1 [<.ndx>] (fit1.ndx) (Facoltativo)
File indice
-n2 [<.ndx>] (fit2.ndx) (Facoltativo)
File indice
Opzioni per specificare i file di output:
-o [<.gro/.g96/...>] (adatto.pdb)
Scheda struttura: gro g96 PDB brk ent esp
-al [<.ndx>] (corrispondenza.ndx) (Facoltativo)
File indice
Altre opzioni:
-[Ora (In)
Visualizza output .xvg, .xpm, .eps ed PDB file
-[nessuno (In)
Scrivi solo la struttura adattata su file
-[no]mw (sì)
Raccordo ponderato in massa e RMSD
-[no]pc (In)
Prova a rendere le molecole di nuovo intere
-[non]adatto (sì)
Eseguire la sovrapposizione dei minimi quadrati della struttura di destinazione al riferimento
-[senza nome (In)
Confronta solo i nomi di atomi corrispondenti
-[senza etichetta (In)
Aggiunte etichette a catena A per la prima e B per la seconda struttura
-[no]bfac (In)
Fattori B di output da valori MSD atomici
Usa gmx-confrms online utilizzando i servizi onworks.net
