Questo è il comando gmx-covar che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre numerose workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online di Windows o emulatore online di MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
gmx-covar - Calcola e diagonalizza la matrice di covarianza
SINOSSI
gmx covar [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-di [<.gro/.g96/...>]] [-l [<.log>]] [-asci [<.dat>]]
[-xpm [<.xpm>]] [-xpma [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-tu ] [-xvg ] [-[non]adatto]
[-[no]rif] [-[no]mwa] [-Ultimo ] [-[no]pc]
DESCRIZIONE
gmx covare calcola e diagonalizza la matrice di covarianza (pesata in massa). Tutto
le strutture vengono adattate alla struttura nel file di struttura. Quando questa non è una corsa
la periodicità del file di input non verrà presa in considerazione. Quando i gruppi di adattamento e analisi
sono identici e l'analisi non è ponderata in massa, anche l'adattamento sarà non
ponderato in base alla massa.
Gli autovettori vengono scritti in un file di traiettoria (-v). Quando gli stessi atomi vengono utilizzati per
l'adattamento e l'analisi della covarianza, la struttura di riferimento per l'adattamento viene scritta per prima
con t=-1. La media (o riferimento quando -rif viene utilizzata) la struttura è scritta con t=0,
gli autovettori sono scritti come frame con il numero dell'autovettore come timestamp.
Gli autovettori possono essere analizzati con gmx anaig.
Opzione -asci scrive l'intera matrice di covarianza in un file ASCII. L'ordine del
gli elementi sono: x1x1, x1y1, x1z1, x1x2, ...
Opzione -xpm scrive l'intera matrice di covarianza in un .xpm file.
Opzione -xpma scrive la matrice di covarianza atomica in un .xpm file, cioè per ogni coppia di atomi
viene scritta la somma delle covarianze xx, yy e zz.
Si noti che la diagonalizzazione di una matrice richiede memoria e tempo che aumenteranno a
almeno tanto veloce quanto il quadrato del numero di atomi coinvolti. È facile esaurire
memoria, nel qual caso questo strumento probabilmente uscirà con un 'errore di segmentazione'. Dovresti
valuta attentamente se un insieme ridotto di atomi soddisferà le tue esigenze di costi inferiori.
VERSIONI
Opzioni per specificare i file di input:
-f [<.xtc/.trr/...>] (tra.xtc)
Traiettoria: estasi TRR cpt gro g96 PDB TNG
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struttura+massa (db): tpr gro g96 PDB interruzione
-n [<.ndx>] (indice.ndx) (Facoltativo)
File indice
Opzioni per specificare i file di output:
-o [<.xvg>] (autoval.xvg)
file xvgr/xmgr
-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
Traiettoria di precisione completa: TRR cpt TNG
-di [<.gro/.g96/...>] (media.pdb)
Scheda struttura: gro g96 PDB brk ent esp
-l [<.log>] (covar.log)
File di registro
-asci [<.dat>] (covar.dat) (Facoltativo)
File di dati generici
-xpm [<.xpm>] (covar.xpm) (Facoltativo)
File matrice compatibile con X PixMap
-xpma [<.xpm>] (covara.xpm) (Facoltativo)
File matrice compatibile con X PixMap
Altre opzioni:
-b (0)
Primo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria
-e (0)
Ultimo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria
-DT (0)
Usa frame solo quando t MOD dt = prima volta (ps)
-tu (Ps)
Unità per i valori temporali: fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg
formattazione della trama xvg: xmgrace, xmgr, none
-[non]adatto (sì)
Adattamento a una struttura di riferimento
-[no]rif (In)
Utilizzare la deviazione dalla conformazione nel file di struttura invece che da
media
-[no]mwa (In)
Analisi della covarianza ponderata in massa
-Ultimo (-1)
Ultimo autovettore da scrivere (-1 è fino all'ultimo)
-[no]pc (sì)
Applicare correzioni per condizioni al contorno periodiche
Utilizzare gmx-covar online utilizzando i servizi onworks.net
