gmx-covar - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

gmx-covar - Calcola e diagonalizza la matrice di covarianza

SINOSSI

gmx covar [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-di [<.gro/.g96/...>]] [-l [<.log>]] [-asci [<.dat>]]
[-xpm [<.xpm>]] [-xpm [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-tu ] [-xvg ] [-[non]adatto]
[-[n]rif] [-[no]mwa] [-Ultimo ] [-[no]pc]

DESCRIZIONE

gmx covare calcola e diagonalizza la matrice di covarianza (ponderata in massa). Tutto
le strutture vengono adattate alla struttura nel file struttura. Quando questa non è una corsa
la periodicità del file di input non verrà presa in considerazione. Quando i gruppi di adattamento e analisi
sono identici e l'analisi non è ponderata in massa, anche l'adattamento sarà non
ponderato in massa.

Gli autovettori vengono scritti in un file di traiettoria (-v). Quando si usano gli stessi atomi per
l'analisi dell'adattamento e della covarianza, viene scritta prima la struttura di riferimento per l'adattamento
con t=-1. La media (o riferimento quando -rif viene utilizzato) la struttura è scritta con t=0,
gli autovettori sono scritti come frame con il numero dell'autovettore come timestamp.

Gli autovettori possono essere analizzati con gmx anaig.

Opzione -asci scrive l'intera matrice di covarianza in un file ASCII. L'ordine del
gli elementi sono: x1x1, x1y1, x1z1, x1x2, ...

Opzione -xpm scrive l'intera matrice di covarianza in an .xpm file.

Opzione -xpm scrive la matrice di covarianza atomica in an .xpm file, cioè per ogni coppia di atomi
si scrive la somma delle covarianze xx, yy e zz.

Si noti che la diagonalizzazione di una matrice richiede memoria e tempo che aumenteranno a
almeno veloce quanto il quadrato del numero di atomi coinvolti. È facile esaurirsi
memoria, nel qual caso questo strumento probabilmente uscirà con un 'Errore di segmentazione'. Dovresti
valuta attentamente se un insieme ridotto di atomi soddisferà le tue esigenze di costi inferiori.

VERSIONI

Opzioni per specificare i file di input:

-f [<.xtc/.trr/...>] (tra.xtc)
Traiettoria: estasi TRR cpt gro g96 PDB TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struttura+massa (db): tpr gro g96 PDB interruzione

-n [<.ndx>] (indice.ndx) (Facoltativo)
File indice

Opzioni per specificare i file di output:

-o [<.xvg>] (autoval.xvg)
file xvgr/xmgr

-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
Traiettoria di precisione completa: TRR cpt TNG

-di [<.gro/.g96/...>] (media.pdb)
Scheda struttura: gro g96 PDB brk ent esp

-l [<.log>] (covar.log)
File di registro

-asci [<.dat>] (covar.dat) (Facoltativo)
File di dati generici

-xpm [<.xpm>] (covar.xpm) (Facoltativo)
File matrice compatibile con X PixMap

-xpm [<.xpm>] (covara.xpm) (Facoltativo)
File matrice compatibile con X PixMap

Altre opzioni:

-b (0)
Primo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria

-e (0)
Ultimo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria

-DT (0)
Usa frame solo quando t MOD dt = prima volta (ps)

-tu (Ps)
Unità per i valori temporali: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg
formattazione della trama xvg: xmgrace, xmgr, none

-[non]adatto (sì)
Adatta a una struttura di riferimento

-[n]rif (In)
Usa la deviazione dalla conformazione nel file di struttura invece che dal
media

-[no]mwa (In)
Analisi della covarianza pesata sulla massa

-Ultimo (-1)
Ultimo autovettore da cancellare (-1 è fino all'ultimo)

-[no]pc (sì)
Applicare correzioni per condizioni al contorno periodiche

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