gmx_d - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

gmx - suite di simulazione di dinamica molecolare

SINOSSI

gmx [-[no] h] [-[no]tranquillo] [-[nessuna]versione] [-[nessun]diritto d'autore] [-simpatico ]
[-[nessun] backup]

DESCRIZIONE

GROMACS è una suite completa di programmi per eseguire simulazioni di dinamica molecolare,
cioè, per simulare il comportamento di sistemi con centinaia o milioni di particelle usando
Equazioni del moto di Newton. Viene utilizzato principalmente per la ricerca su proteine, lipidi e
polimeri, ma può essere applicato a un'ampia varietà di ricerche chimiche e biologiche
domande.

VERSIONI

Altre opzioni:

-[no] h (In)
Stampa la guida ed esci

-[no]tranquillo (In)
Non stampare informazioni o citazioni di avvio comuni

-[nessuna]versione (In)
Stampa le informazioni sulla versione estesa ed esci

-[nessun]diritto d'autore (sì)
Stampa le informazioni sul copyright all'avvio

-simpatico (19)
Imposta il nicelevel (il valore predefinito dipende dal comando)

-[nessun] backup (sì)
Scrivi backup se esistono file di output

GMX COMANDI

Sono disponibili i seguenti comandi. Si prega di fare riferimento alle loro singole pagine man o gmx
Aiuto per ulteriori dettagli.

Traiettoria .
gmx-gangle(1)
Calcola angoli

gmx-distanza(1)
Calcola le distanze tra le coppie di posizioni

gmx-volume libero(1)
Calcola volume libero

gmx-pairdist(1)
Calcola le distanze a coppie tra gruppi di posizioni

gmx-rdf(1)
Calcola le funzioni di distribuzione radiale

gmx-sasa(1)
Calcolare la superficie accessibile al solvente

gmx-seleziona(1)
Stampa informazioni generali sulle selezioni

Generazione topologie ed coordinate
gmx-editconf(1)
Modifica la casella e scrivi sottogruppi

gmx-x2top(1)
Genera una topologia primitiva dalle coordinate

gmx-solvato(1)
Risolvi un sistema

gmx-insert-molecole(1)
Inserire molecole in posti vacanti existing

gmx-genconf(1)
Moltiplicare una conformazione in orientamenti 'casuali'

generazione gmx(1)
Genera ioni monoatomici su posizioni energeticamente favorevoli

gmx-genere(1)
Generare vincoli di posizione o vincoli di distanza per i gruppi indice

gmx-pdb2gmx(1)
Converti file di coordinate in topologia e file di coordinate compatibili con FF

corsa a simulazione
gmx-grompp(1)
Crea un file di input di esecuzione

gmx-mdrun(1)
Eseguire una simulazione, eseguire un'analisi in modalità normale o una minimizzazione dell'energia

gmx-convert-tpr(1)
Crea un file di input di esecuzione modificato

Sta guardando traiettorie
gmx-nmtraj(1)
Genera una traiettoria oscillante virtuale da un autovettore

vista gmx(1)
Visualizza una traiettoria su un terminale X-Windows

Processando energie
gmx-nemat(1)
Estrai una matrice energetica da un file energetico

gmx-energia(1)
Scrive energie su file xvg e visualizza le medie

gmx-mdrun(1)
(Ri)calcolare le energie per i frame di traiettoria con -rerun

Conversione file
gmx-editconf(1)
Converti e manipola i file di struttura

gmx-eneconv(1)
Converti file energetici

gmx-sigeps(1)
Converti combinazioni c6/12 o c6/cn da e verso sigma/epsilon

gmx-trjcat(1)
Concatena file di traiettoria

gmx-trjconv(1)
Converti e manipola i file di traiettoria

gmx-xpm2ps(1)
Converti matrici XPM (XPixelMap) in PostScript o XPM

Strumenti
gmx-analizzare(1)
Analizza i set di dati

gmx-dyndom(1)
Interpola ed estrapola le rotazioni della struttura

filtro gmx(1)
Traiettorie del filtro di frequenza, utili per realizzare filmati fluidi

gmx-mentire(1)
Stima dell'energia libera da combinazioni lineari

gmx-morfo(1)
Interpola linearmente tra conformazioni

errore_gmx-pme(1)
Stimare l'errore di utilizzo di PME con un dato file di input

gmx-sham(1)
Calcola energie libere o altri istogrammi dagli istogrammi

gmx-spaziale(1)
Calcola la funzione di distribuzione spaziale

gmx-traj(1)
Traccia x, v, f, box, temperatura ed energia rotazionale dalle traiettorie

gmx-tune_pme(1)
Time mdrun in funzione dei ranghi PME per ottimizzare le impostazioni

gmx-wham(1)
Eseguire l'analisi dell'istogramma ponderato dopo il campionamento ad ombrello

controllo gmx(1)
Controlla e confronta i file

gmx-discarica(1)
Rendi i file binari leggibili dall'uomo

gmx-make_ndx(1)
Crea file indice

gmx-mk_angndx(1)
Genera file indice per 'gmx angle'

gmx-trjorder(1)
Ordina le molecole in base alla loro distanza da un gruppo

gmx-xpm2ps(1)
Converti matrici XPM (XPixelMap) in PostScript o XPM

distanze fra strutture
cluster gmx(1)
Strutture a grappolo

gmx-conferme(1)
Adatta due strutture e calcola l'RMSD

gmx-rms(1)
Calcola RMSD con una struttura di riferimento e matrici RMSD

gmx-rmsf(1)
Calcola le fluttuazioni atomiche

distanze in strutture ancora tempo
gmx-mindist(1)
Calcola la distanza minima tra due gruppi

gmx-mdmat(1)
Calcola le mappe di contatto dei residui

gmx-polistato(1)
Calcola le proprietà statiche dei polimeri

gmx-rmsdist(1)
Calcola le distanze delle coppie di atomi mediate con potenza -2, -3 o -6

Massa distribuzione proprietà ancora tempo
gmx-girato(1)
Calcola il raggio di rotazione

gmx-msd(1)
Calcola gli spostamenti quadrati medi

gmx-polistato(1)
Calcola le proprietà statiche dei polimeri

gmx-rdf(1)
Calcola le funzioni di distribuzione radiale

gmx-rotacf(1)
Calcola la funzione di correlazione rotazionale per le molecole

gmx-rotmat(1)
Tracciare la matrice di rotazione per l'adattamento a una struttura di riferimento

gmx-sans(1)
Calcolare spettri di scattering di neutroni a piccolo angolo

gmx-sax(1)
Calcola spettri di diffusione di raggi X a piccoli angoli

gmx-traj(1)
Traccia x, v, f, box, temperatura ed energia rotazionale dalle traiettorie

gmx-vanhove(1)
Calcola le funzioni di spostamento e correlazione di Van Hove

Analisi vincolato interazioni
gmx-angolo(1)
Calcola distribuzioni e correlazioni per angoli e diedri

gmx-mk_angndx(1)
Genera file indice per 'gmx angle'

Strutturale proprietà
gmx-anadock(1)
Strutture cluster dalle esecuzioni di Autodock

pacchetto gmx(1)
Analizzare fasci di assi, ad es. eliche

gmx-clustsize(1)
Calcola le distribuzioni dimensionali dei cluster atomici

gmx-disre(1)
Analizzare i vincoli di distanza

gmx-hbond(1)
Calcola e analizza i legami idrogeno

gmx-ordine(1)
Calcola il parametro d'ordine per atomo per le code di carbonio

gmx-principale(1)
Calcola gli assi principali di inerzia per un gruppo di atomi

gmx-rdf(1)
Calcola le funzioni di distribuzione radiale

gmx-salebr(1)
Calcola ponti salini

gmx-sorient(1)
Analizzare l'orientamento del solvente attorno ai soluti

gmx-spol(1)
Analizzare l'orientamento del dipolo del solvente e la polarizzazione attorno ai soluti

cinetico proprietà
gmx-bar(1)
Calcola le stime della differenza di energia libera attraverso il rapporto di accettazione di Bennett

gmx-corrente(1)
Calcola le costanti dielettriche e la funzione di autocorrelazione della corrente

gmx-dos(1)
Analizza la densità di stati e proprietà in base a questo

gmx-dyecoupl(1)
Estrai la dinamica del colorante dalle traiettorie

gmx-principale(1)
Calcola gli assi principali di inerzia per un gruppo di atomi

gmx-tcaf(1)
Calcolare le viscosità dei liquidi

gmx-traj(1)
Traccia x, v, f, box, temperatura ed energia rotazionale dalle traiettorie

gmx-vanhove(1)
Calcola le funzioni di spostamento e correlazione di Van Hove

gmx-velacc(1)
Calcola le funzioni di autocorrelazione della velocità

elettrostatica proprietà
gmx-corrente(1)
Calcola le costanti dielettriche e la funzione di autocorrelazione della corrente

gmx-dielettrico(1)
Calcola costanti dielettriche dipendenti dalla frequenza

gmx-dipoli(1)
Calcola il dipolo totale più le fluttuazioni

gmx-potenziale(1)
Calcola il potenziale elettrostatico attraverso la scatola

gmx-spol(1)
Analizzare l'orientamento del dipolo del solvente e la polarizzazione attorno ai soluti

generazione gmx(1)
Genera ioni monoatomici su posizioni energeticamente favorevoli

Specifico per le proteine .
gmx-do_dssp(1)
Assegna la struttura secondaria e calcola la superficie accessibile al solvente

gmx-chi(1)
Calcola tutto quello che vuoi sapere sul chi e sugli altri diedri

gmx-elica(1)
Calcola le proprietà di base delle alfa eliche

gmx-helixorient(1)
Calcola passo locale/flessione/rotazione/orientamento all'interno delle eliche

gmx-rama(1)
Calcola i grafici di Ramachandran

ruota gmx(1)
Traccia ruote elicoidali

interfacce
pacchetto gmx(1)
Analizzare fasci di assi, ad es. eliche

gmx-densità(1)
Calcola la densità del sistema

gmx-densmap(1)
Calcola mappe di densità planari 2D o assiali-radiali

gmx-densorder(1)
Calcola le fluttuazioni della superficie

ordine gmx-h2(1)
Calcola l'orientamento delle molecole d'acqua

gmx-hydorder(1)
Calcola i parametri di tetraedralità attorno a un dato atomo

gmx-ordine(1)
Calcola il parametro d'ordine per atomo per le code di carbonio

gmx-potenziale(1)
Calcola il potenziale elettrostatico attraverso la scatola

covarianza .
gmx-anaeig(1)
Analizzare gli autovettori

gmx-covar(1)
Calcola e diagonalizza la matrice di covarianza

gmx-make_edi(1)
Genera file di input per il campionamento delle dinamiche essenziali

Normale modalità di
gmx-anaeig(1)
Analizza le modalità normali

gmx-nmeig(1)
Diagonalizzare l'Assia per l'analisi in modalità normale

gmx-nmtraj(1)
Genera una traiettoria oscillante virtuale da un autovettore

gmx-nmens(1)
Generare un insieme di strutture dai modi normali

gmx-grompp(1)
Crea un file di input di esecuzione

gmx-mdrun(1)
Trova un minimo di energia potenziale e calcola l'Assia

COPYRIGHT

2015, team di sviluppo GROMACS

Usa gmx_d online usando i servizi onworks.net