gmx-editconf - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

gmx-editconf - Converti e manipola i file di struttura

SINOSSI

gmx modifica conf [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx>]] [-bf [<.dat>]]
[-o [<.gro/.g96/...>]] [-idromele [<.pqr>]] [-[Ora]
[-[no]def] [-bt ] [-scatola ]
[-angoli ] [-d ] [-[no]c]
[-centro ] [-allinea al centro ]
[-allineare ] [-tradurre ]
[-ruotare ] [-[no]principe] [-scala ]
[-densità ] [-[no]pc] [-risnr ] [-[no]afferrare]
[-rvdw ] [-[no]sig56] [-[no]vdwread] [-[no]atomo]
[-[no]leggenda] [-etichetta ] [-[no]connettersi]

DESCRIZIONE

gmx modifica conf converte il formato della struttura generica in .gro, .g96 or PDB.

La casella può essere modificata con le opzioni -scatola, -d ed -angoli. Entrambi -scatola ed -d farà centro
il sistema nella scatola, a meno che -noc viene utilizzato.

Opzione -bt determina il tipo di scatola: triclino è una scatola triclina, cubico è un rettangolare
scatola con tutti i lati uguali dodecaedro rappresenta un dodecaedro rombico e ottaedro is
un ottaedro troncato. Gli ultimi due sono casi speciali di una scatola triclina. La lunghezza di
i tre vettori box dell'ottaedro troncato è la distanza più breve tra due
esagoni opposti. Rispetto a una scatola cubica con una certa distanza periodica dell'immagine, il volume
di un dodecaedro con questa stessa distanza periodica è 0.71 volte quella del cubo, e
quello di un ottaedro troncato è 0.77 volte.

Opzione -scatola richiede un solo valore per un dodecaedro cubico, rombico o troncato
scatola ottaedrica.

Con -d e triclino casella la dimensione del sistema nel x-, y-, e z-direzioni è
Usato. Insieme a -d ed cubico, dodecaedro or ottaedro scatole, le dimensioni sono impostate su
diametro del sistema (massima distanza tra gli atomi) più il doppio della distanza specificata.

Opzione -angoli è significativo solo con opzione -scatola e un box triclino e non può essere utilizzato
con opzione -d.

Quando -n or -def è impostato, è possibile selezionare un gruppo per il calcolo della dimensione e del
centro geometrico, altrimenti viene utilizzato l'intero sistema.

-ruotare ruota le coordinate e le velocità.

-principe allinea gli assi principali del sistema lungo gli assi coordinati, con il più lungo
asse allineato con il x-asse. Ciò potrebbe consentire di ridurre il volume della scatola, ma attenzione
che le molecole possono ruotare in modo significativo in un nanosecondo.

Il ridimensionamento viene applicato prima di eseguire qualsiasi altra operazione. Scatole e coordinate
può essere scalato per dare una certa densità (opzione -densità). Nota che questo potrebbe essere
impreciso nel caso a .gro file viene fornito come input. Una caratteristica speciale dell'opzione di ridimensionamento
è che quando il fattore -1 è dato in una dimensione, si ottiene un'immagine speculare, speculare
in uno degli aerei. Quando si usa -1 in tre dimensioni, un'immagine speculare punto è
ottenuto.

I gruppi vengono selezionati dopo che tutte le operazioni sono state applicate.

La periodicità può essere rimossa in modo grossolano. È importante che i vettori box in corrispondenza di
fondo del file di input sono corretti quando la periodicità deve essere rimossa.

Durante la scrittura PDB file, i fattori B possono essere aggiunti con il -bf opzione. I fattori B vengono letti
da un file con il seguente formato: la prima riga indica il numero di voci nel file,
le righe successive indicano un indice seguito da un fattore B. I fattori B saranno allegati per
residuo a meno che un indice non sia maggiore del numero di residui o a meno che il -atomo opzione
è impostato. Ovviamente è possibile aggiungere qualsiasi tipo di dato numerico al posto dei fattori B. -leggenda
produrrà una fila di atomi di CA con fattori B che vanno dal minimo al massimo
valore trovato, creando di fatto una legenda per la visualizzazione.

Con l'opzione -idromele uno speciale PDB (.pqr) per il programma di elettrostatica MEAD
(Solutore Poisson-Boltzmann). Un ulteriore prerequisito è che il file di input sia a
eseguire il file di input. Il campo del fattore B viene quindi riempito con il raggio di Van der Waals del
atomi mentre il campo di occupazione manterrà la carica.

L'opzione -presa è simile, ma mette le cariche nel fattore B e il raggio in
l'occupazione.

Opzione -allineare consente l'allineamento dell'asse principale di un gruppo specificato rispetto al
dato vettore, con un centro di rotazione opzionale specificato da -allinea al centro.

Infine, con opzione -etichetta, modifica conf può aggiungere un identificatore di catena a a PDB file, che può
essere utile per l'analisi con ad esempio Rasmol.

Per convertire un file di ottaedro troncato prodotto da un pacchetto che utilizza una scatola cubica con
gli angoli tagliati (come GROMOS), utilizzare:

gmx editconf -f in -rotate 0 45 35.264 -bt o -box veclen -o out

where veloce è la dimensione della casella cubica volte sqrt(3)/2.

VERSIONI

Opzioni per specificare i file di input:

-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro)
Scheda struttura: gro g96 PDB brk ent esp tpr

-n [<.ndx>] (indice.ndx) (Facoltativo)
File indice

-bf [<.dat>] (bfact.dat) (Facoltativo)
File di dati generici

Opzioni per specificare i file di output:

-o [<.gro/.g96/...>] (fuori.gro) (Facoltativo)
Scheda struttura: gro g96 PDB brk ent esp

-idromele [<.pqr>] (idromele.pqr) (Facoltativo)
File coordinate per MEAD

Altre opzioni:

-[Ora (In)
Visualizza output .xvg, .xpm, .eps ed PDB file

-[no]def (In)
Scegli l'output dai gruppi di indici predefiniti

-bt (triclino)
Tipo di scatola per -scatola ed -d: triclino, cubico, dodecaedro, ottaedro

-scatola (0 0 0)
Lunghezze vettore box (a,b,c)

-angoli (90 90 90)
Angoli tra i vettori box (bc,ac,ab)

-d (0)
Distanza tra il soluto e la scatola

-[no]c (In)
Molecola centrale nella casella (implicata da -scatola ed -d)

-centro (0 0 0)
Coordinate del centro geometrico

-allinea al centro (0 0 0)
Centro di rotazione per l'allineamento

-allineare (0 0 0)
Allinea al vettore di destinazione

-tradurre (0 0 0)
Traduzione

-ruotare (0 0 0)
Rotazione intorno agli assi X, Y e Z in gradi

-[no]principe (In)
Orientare le molecole lungo i loro assi principali

-scala (1 1 1)
Fattore di scala

-densità (1000)
Densità (g/L) della casella di output ottenuta mediante ridimensionamento

-[no]pc (In)
Rimuovere la periodicità (rendere di nuovo intera la molecola)

-risnr (-1)
Rinumera i residui a partire da resnr

-[no]afferrare (In)
Memorizza la carica dell'atomo nel campo del fattore B e il raggio dell'atomo in
il campo di occupazione

-rvdw (0.12)
Raggio di Van der Waals predefinito (in nm) se non è possibile trovarne uno nel database o se
nessun parametro è presente nel file della topologia

-[no]sig56 (In)
Usa rmin/2 (minimo nel potenziale di Van der Waals) piuttosto che sigma/2

-[no]vdwread (In)
Leggi i raggi di Van der Waals dal file vdwradii.dat piuttosto che calcolare il
raggi basati sul campo di forza

-[no]atomo (In)
Forza di attacco del fattore B per atomo

-[no]leggenda (In)
Crea una leggenda del fattore B

-etichetta (A)
Aggiungi etichetta catena per tutti i residui

-[no]connettersi (In)
Aggiungi record CONECT a a PDB file quando scritto. Può essere fatto solo quando una topologia è
presenti

NOTO PROBLEMI

· Per le molecole complesse, la routine di rimozione della periodicità potrebbe non funzionare, in tal caso
possono usare gmx trjconv.

Usa gmx-editconf online usando i servizi onworks.net