gmx-helix - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

gmx-helix - Calcola le proprietà di base delle alfa eliche

SINOSSI

elica gmx [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-cz [<.gro/.g96/...>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[Ora] [-r0 ] [-[no]q] [-[no]F]
[-[no]db] [-[no]ev] [-ahxstart ] [-ahxend ]

DESCRIZIONE

gmx elica calcola tutti i tipi di proprietà dell'elica. Innanzitutto, il peptide viene controllato per trovare
la parte elicoidale più lunga, determinata dai legami idrogeno e dagli angoli phi/psi. Quel po' è
montato su un'elica ideale attorno al z-asse e centrato sull'origine. Poi il
vengono calcolate le seguenti proprietà:

· Raggio dell'elica (file raggio.xvg). Questa è semplicemente la deviazione RMS in due dimensioni
per tutti gli atomi di Calpha. è calcolato come sqrt((sum_i (x^2(i)+y^2(i)))/N) dove N è
il numero di atomi della spina dorsale. Per un'elica ideale il raggio è 0.23 nm.

· Torsione (file twist.xvg). Viene calcolato l'angolo di elica medio per residuo. Per un
alfa-elica è 100 gradi, per 3-10 eliche sarà più piccolo e per 5 eliche
sarà più grande.

· Aumento per residuo (file aumento.xvg). L'aumento dell'elica per residuo viene tracciato come
differenza di z-coordinata tra gli atomi di Calpha. Per un'elica ideale, questo è 0.15 nm.

· Lunghezza totale dell'elica (file len-ahx.xvg). La lunghezza totale dell'elica in nm. Questo è
semplicemente l'aumento medio (vedi sopra) per il numero di residui elicoidali (vedi sotto).

· Dipolo elicoidale, solo dorsale (file dip-ahx.xvg).

· Deviazione RMS dall'elica ideale, calcolata solo per gli atomi di Calpha (file
rms-ahx.xvg).

· Calpha medio - Angolo diedro Calpha (file phi-ahx.xvg).

· Angoli phi e psi medi (file phipsi.xvg).

· Ellitticità a 222 nm secondo Hirst e Brooks.

VERSIONI

Opzioni per specificare i file di input:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
File di input per eseguire xdr portatile

-n [<.ndx>] (indice.ndx)
File indice

-f [<.xtc/.trr/...>] (tra.xtc)
Traiettoria: estasi TRR cpt gro g96 PDB TNG

Opzioni per specificare i file di output:

-cz [<.gro/.g96/...>] (zconf.gro)
Scheda struttura: gro g96 PDB brk ent esp

Altre opzioni:

-b (0)
Primo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria

-e (0)
Ultimo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria

-DT (0)
Usa frame solo quando t MOD dt = prima volta (ps)

-[Ora (In)
Visualizza output .xvg, .xpm, .eps ed PDB file

-r0 (1)
Il primo numero residuo nella sequenza

-[no]q (In)
Controlla ad ogni passaggio quale parte della sequenza è elicoidale

-[no]F (sì)
Adatta a un'elica perfetta

-[no]db (In)
Informazioni di stampa di debug

-[no]ev (In)
Scrivi un nuovo file 'traiettoria' per ED

-ahxstart (0)
Primo residuo nell'elica

-ahxend (0)
Ultimo residuo nell'elica

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