Questo è il comando gmx-mdmat che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
gmx-mdmat - Calcola le mappe di contatto dei residui
SINOSSI
gmx mdmat [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-significare [<.xpm>]] [-frame [<.xpm>]] [-al [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-DT ] [-xvg ]
[-t ] [-nlivelli ]
DESCRIZIONE
gmx mdmat crea matrici di distanza costituite dalla distanza minima tra i residui
coppie. Insieme a -frame, queste matrici di distanza possono essere memorizzate per vedere le differenze in
struttura terziaria in funzione del tempo. Se scegli le tue opzioni incautamente, questo potrebbe
generare un file di output di grandi dimensioni. Per impostazione predefinita, solo una matrice media sull'intero
la traiettoria è in uscita. Anche un conteggio del numero di diversi contatti atomici tra
si possono creare residui su tutta la traiettoria. L'output può essere elaborato con gmx
xpm2ps per creare un grafico PostScript (tm).
VERSIONI
Opzioni per specificare i file di input:
-f [<.xtc/.trr/...>] (tra.xtc)
Traiettoria: estasi TRR cpt gro g96 PDB TNG
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struttura+massa (db): tpr gro g96 PDB interruzione
-n [<.ndx>] (indice.ndx) (Facoltativo)
File indice
Opzioni per specificare i file di output:
-significare [<.xpm>] (dm.xpm)
File matrice compatibile con X PixMap
-frame [<.xpm>] (dmf.xpm) (Facoltativo)
File matrice compatibile con X PixMap
-al [<.xvg>] (num.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr
Altre opzioni:
-b (0)
Primo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria
-e (0)
Ultimo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria
-DT (0)
Usa frame solo quando t MOD dt = prima volta (ps)
-xvg
formattazione della trama xvg: xmgrace, xmgr, none
-t (1.5)
distanza del tronco
-nlivelli (40)
Discretizzare la distanza in questo numero di livelli
Usa gmx-mdmat online utilizzando i servizi onworks.net
