Questo è il comando gmx-nmtraj che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
gmx-nmtraj - Genera una traiettoria oscillante virtuale da un autovettore
SINOSSI
gmx nmtraj [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-estero ]
[-fasi ] [-temp ] [-ampiezza ]
[-nframe ]
DESCRIZIONE
gmx nmtraj genera una traiettoria virtuale da un autovettore, corrispondente a a
oscillazione cartesiana armonica attorno alla struttura media. Gli autovettori dovrebbero
normalmente essere ponderato in massa, ma è possibile utilizzare autovettori non ponderati per generare
moti ortogonali. I frame di output sono scritti come un file di traiettoria che copre un intero
periodo e il primo fotogramma è la struttura media. Se scrivi la traiettoria in (o
convertire in) formato PDB è possibile visualizzarlo direttamente in PyMol e anche renderizzare un fotorealistico
film. Le ampiezze di movimento sono calcolate dagli autovalori e da una temperatura preimpostata,
supponendo l'equipartizione dell'energia su tutti i modi. Per rendere il movimento chiaramente visibile in
PyMol potresti volerlo amplificare impostando una temperatura irrealisticamente alta.
Tuttavia, tieni presente che sia gli spostamenti cartesiani lineari che la ponderazione della massa saranno
portare a una grave deformazione della struttura per ampiezze elevate - questa è semplicemente una limitazione
del modello cartesiano di modo normale. Per impostazione predefinita, l'autovettore selezionato è impostato su 7, poiché
i primi sei modi normali sono i gradi di libertà traslazionale e rotazionale.
VERSIONI
Opzioni per specificare i file di input:
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struttura+massa (db): tpr gro g96 PDB interruzione
-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
Traiettoria di precisione completa: TRR cpt TNG
Opzioni per specificare i file di output:
-o [<.xtc/.trr/...>] (nmtraj.xtc)
Traiettoria: estasi TRR gro g96 PDB TNG
Altre opzioni:
-estero (7)
Stringa di autovettori da utilizzare (il primo è 1)
-fasi (0.0)
Stringa di fasi (il valore predefinito è 0.0)
-temp (300)
Temperatura (K)
-ampiezza (0.25)
Ampiezza per modi con autovalore<=0
-nframe (30)
Numero di frame da generare
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