Questo è il comando gmx-rama che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
gmx-rama - Calcola i grafici di Ramachandran
SINOSSI
gmx rama [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-DT ] [-[Ora] [-xvg ]
DESCRIZIONE
gmx rama seleziona le combinazioni diedrali phi/psi dal file della topologia e calcola
questi in funzione del tempo. Utilizzando semplici strumenti Unix come grep puoi selezionare fuori
residui specifici.
VERSIONI
Opzioni per specificare i file di input:
-f [<.xtc/.trr/...>] (tra.xtc)
Traiettoria: estasi TRR cpt gro g96 PDB TNG
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
File di input per eseguire xdr portatile
Opzioni per specificare i file di output:
-o [<.xvg>] (rama.xvg)
file xvgr/xmgr
Altre opzioni:
-b (0)
Primo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria
-e (0)
Ultimo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria
-DT (0)
Usa frame solo quando t MOD dt = prima volta (ps)
-[Ora (In)
Visualizza output .xvg, .xpm, .eps e PDB file
-xvg
formattazione della trama xvg: xmgrace, xmgr, none
Usa gmx-rama online utilizzando i servizi onworks.net
