gmx-rdf - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

gmx-rdf - Calcola le funzioni di distribuzione radiale

SINOSSI

gmx rdf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-cn [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-tu ] [-xvg ] [-[no]rmbc]
[-[no]pc] [-sf ] [-selrpos ] [-seltipo ]
[-bidone ] [-[no]norma] [-[no]xy] [-[no]escl.] [-taglio ]
[-rmax ] [-surf ] [-rif ]
[-sale ]

DESCRIZIONE

gmx rdf calcola le funzioni di distribuzione radiale da un insieme di riferimento di posizione (insieme
con -rif) a uno o più insiemi di posizioni (impostati con -sale). Per calcolare l'RDF con
rispetto alla posizione più vicina in un insieme in -rif invece, usa -surf: se impostato, allora -rif is
suddiviso in insiemi in base al valore di -surf, e la posizione più vicina in ogni set è
utilizzato. Per calcolare l'RDF attorno agli assi paralleli al z-asse, cioè solo nel x-y aereo,
uso -xy.

Per impostare la larghezza del contenitore e la distanza massima da utilizzare nell'RDF, utilizzare -bidone e -rmax,
rispettivamente. Quest'ultimo può essere utilizzato per limitare il costo computazionale se l'RDF non è di
interessi fino al valore predefinito (metà della dimensione della scatola con PBC, tre volte la dimensione della scatola
senza PBC).

Per utilizzare le esclusioni dalla topologia (-s), impostato -escl e assicurarsi che entrambi -rif e -sale
seleziona solo gli atomi. Un'alternativa più approssimativa per escludere i picchi intramolecolari è quella di impostare -taglio
a un valore diverso da zero per cancellare l'RDF a piccole distanze.

Gli RDF sono normalizzati da 1) numero medio di posizioni in -rif (il numero di gruppi
con -surf), 2) volume del contenitore e 3) densità media delle particelle di -sale posizioni per
quella selezione. Per utilizzare solo il primo fattore per la normalizzazione, impostare -non norma. In questo caso,
l'RDF viene ridimensionato solo con la larghezza del contenitore per far sì che l'integrale della curva rappresenti il
numero di coppie all'interno di un intervallo. Si noti che le esclusioni non influenzano la normalizzazione: anche
if -escl è impostato, o -rif e -sale contengono la stessa selezione, il fattore di normalizzazione è
ancora N*M, non N*(M-escluso).

Da -surf, la selezione fornita a -rif bisogna selezionare gli atomi, cioè i centri di massa non sono
supportato. Inoltre, -non norma è implicito, poiché i contenitori hanno forme irregolari e il volume
di un contenitore non è facilmente calcolabile.

Opzione -cn produce il numero cumulativo RDF, cioè il numero medio di particelle all'interno
una distanza r.

VERSIONI

Opzioni per specificare i file di input:

-f [<.xtc/.trr/...>] (tra.xtc) (Facoltativo)
Traiettoria di ingresso o configurazione singola: estasi TRR cpt gro g96 PDB TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Facoltativo)
Struttura dell'input: tpr gro g96 PDB interruzione

-n [<.ndx>] (indice.ndx) (Facoltativo)
Gruppi di indici extra

Opzioni per specificare i file di output:

-o [<.xvg>] (rdf.xvg)
RDF calcolati

-cn [<.xvg>] (rdf_cn.xvg) (Facoltativo)
RDF cumulativi

Altre opzioni:

-b (0)
Primo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria

-e (0)
Ultimo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria

-DT (0)
Usa frame solo se t MOD dt == prima volta (ps)

-tu (Ps)
Unità per i valori temporali: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg (xmgrace)
Formattazione della trama: nessuno, xmgrace, xmgr

-[no]rmbc (sì)
Crea molecole intere per ogni fotogramma

-[no]pc (sì)
Utilizzare condizioni al contorno periodiche per il calcolo della distanza

-sf
Fornire selezioni dai file

-selrpos (atomo)
Posizioni di riferimento per la selezione: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
intere_res_com, intere_res_cog, intere_mol_com, intere_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog

-seltipo (atomo)
Posizioni di uscita di selezione predefinite: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
intere_res_com, intere_res_cog, intere_mol_com, intere_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog

-bidone (0.002)
Larghezza del contenitore (nm)

-[no]norma (sì)
Normalizzare per volume e densità del contenitore

-[no]xy (In)
Utilizzare solo le componenti x e y della distanza

-[no]escl. (In)
Utilizzare le esclusioni dalla topologia

-taglio (0)
Distanza più breve (nm) da considerare

-rmax (0)
Distanza massima (nm) da calcolare

-surf (In)
RDF rispetto alla superficie di riferimento: no, mol, res

-rif
Selezione di riferimento per il calcolo RDF

-sale
Selezioni per calcolare gli RDF dal riferimento

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