gmx-rotacf - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

gmx-rotacf - Calcola la funzione di correlazione rotazionale per le molecole

SINOSSI

gmx rotcf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-DT ]
[-[Ora] [-xvg ] [-[cenno] [-[no]aver]
[-aflen ] [-[no]normalizzare] [-P ]
[-fitfn ] [-inizio ] [-endfit ]

DESCRIZIONE

gmx rotac calcola la funzione di correlazione rotazionale per le molecole. Triplette di atomi
(i,j,k) deve essere fornito nel file indice, definendo due vettori ij ​​e jk. Il rotazionale
ACF è calcolato come la funzione di autocorrelazione del vettore n = ij x jk, cioè the
prodotto vettoriale dei due vettori. Poiché tre atomi si estendono su un piano, l'ordine dei tre
gli atomi non hanno importanza. Facoltativamente, invocando il -d switch, puoi calcolare il
funzione di correlazione rotazionale per molecole lineari specificando coppie di atomi (i,j) nel
file indice.

ESEMPI

gmx rotac -P 1 -nparm 2 -fft -n Index -o rotcf-x-P1 -fa expfit-x-P1 -inizio 2.5
-endfit 20.0

Questo calcolerà la funzione di correlazione rotazionale usando un primo ordine Legendre
polinomio dell'angolo di un vettore definito dal file indice. La funzione di correlazione
sarà adattato da 2.5 ps fino a 20.0 ps a un esponenziale a due parametri.

VERSIONI

Opzioni per specificare i file di input:

-f [<.xtc/.trr/...>] (tra.xtc)
Traiettoria: estasi TRR cpt gro g96 PDB TNG

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
File di input per eseguire xdr portatile

-n [<.ndx>] (indice.ndx)
File indice

Opzioni per specificare i file di output:

-o [<.xvg>] (rotacf.xvg)
file xvgr/xmgr

Altre opzioni:

-b (0)
Primo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria

-e (0)
Ultimo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria

-DT (0)
Usa frame solo quando t MOD dt = prima volta (ps)

-[Ora (In)
Visualizza output .xvg, .xpm, .eps ed PDB file

-xvg
formattazione della trama xvg: xmgrace, xmgr, none

-[cenno (In)
Utilizzare doppietti indice (vettori) per la funzione di correlazione invece di terzine (piani)

-[no]aver (sì)
Media su molecole

-aflen (-1)
La lunghezza dell'ACF, l'impostazione predefinita è la metà del numero di fotogrammi

-[no]normalizzare (sì)
Normalizza ACF

-P (0)
Polinomio dell'ordine di Legendre per ACF (0 indica nessuno): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Nessuno)
Funzione di adattamento: nessuno, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-inizio (0)
Ora in cui iniziare l'adattamento esponenziale della funzione di correlazione

-endfit (-1)
Tempo in cui termina l'adattamento esponenziale della funzione di correlazione, -1 è fino a che
fine

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