go2fmtp - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

go2fmt, go2obo_xml, go2owl, go2rdf_xml, go2obo_text - strumento di conversione e relativi wrapper

SINOSSI

go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontologia/*.ontology
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontologia/gene_ontology.obo

DESCRIZIONE

analizza qualsiasi file ontologico di stile GO/OBO e lo scrive in un formato diverso

ARGOMENTI
-e ERRFILE

scrive errori di analisi in XML - il valore predefinito è STDERR (non dovrebbero esserci errori di analisi nel pozzo
file formati)

-p FORMATO

determina quale parser usare; se non specificato, farà un'ipotesi in base al file
suffisso. Vedi sotto per i formati

-w|scrittore FORMATO

formato per l'output - vedi sotto per l'elenco

-|xlt XSLT

Il nome o il nome del file di una trasformazione XSLT

Questo può essere un percorso assoluto per un file in qualsiasi punto del filesystem, oppure può semplicemente
essere il nome dell'xslt; per esempio

go2fmt.pl -xslt oboxml_to_owl go.obo

Se viene specificato il nome, prima di tutto verrà cercato $GO_ROOT/xml/xsl/*.xsl; Se
GO_ROOT non è impostato, verrà cercata la directory dei moduli perl in cui è installato GO (la
xslts verrà installato qui automaticamente se segui il normale processo di installazione)

-usa_cache
Se viene specificata questa opzione, la modalità di memorizzazione nella cache è attivata.

Con la modalità cache, la prima volta che si analizza un file, verrà visualizzato un file aggiuntivo
esportato in un formato speciale che è veloce da analizzare. Questo file avrà lo stesso nome di file
come il file originale, tranne che avrà il suffisso ".cache".

La prossima volta che analizzerai il file, questo programma ne verificherà automaticamente l'esistenza
del file ".cache". Se esiste ed è più recente del file specificato, questo
viene invece analizzato. Se non esiste, viene ricostruito.

Questo porterà un miglioramento della velocità per b dei formati di output di seguito (come
lista dei percorsi). La maggior parte dei formati di output funziona con l'analisi basata sugli eventi, quindi la memorizzazione nella cache dell'oggetto porta
nessun vantaggio e sarà infatti più lento del bypassare la cache

FORMATI
i formati scrivibili sono

andare_ont
File con suffisso ".ontology"

Questi memorizzano i DAG dell'ontologia

vai_def
File con suffisso ".defs"

go_xrif
Riferimenti al database esterno per i termini GO

File con suffisso "2go" (es. ec2go, metacyc2go)

vai_assoc
Annotazioni di geni o prodotti genici utilizzando GO

File con prefisso "gene-association".

obo_testo
File con suffisso ".obo"

Si tratta di un nuovo formato di file sostitutivo per i formati di file flat GO esistenti. Esso
gestisce ontologie, definizioni e xrif (ma non associazioni)

obo_xml
File con suffisso ".obo.xml" o ".obo-xml"

Questa è la versione XML del formato di file flat OBO sopra

Prolog
fatti prolog - avrai bisogno di un compilatore/interprete prolog per usarli. Puoi
ragionare su questi fatti usando Obol o il prossimo progetto Bio-LP

tbl rappresentazione tabellare semplice (con perdita)

sommario
può essere utilizzato sia su file ontologici che su file di associazione

lista dei percorsi
mostra tutti i percorsi alla radice

gufo formato OWL (predefinito: OWL-DL)

OWL è un formato standard W3C per ontologie

Avrai bisogno dei file XSL della distribuzione completa go-dev per eseguirlo; vedere l'XML
sezione inhttp://www.godatabase.org/dev>

obj_yaml
una rappresentazione YAML di un oggetto GO::Model::Graph

obj_storable
Un dump dell'oggetto perl GO::Model::Graph. Hai bisogno di Storeable da CPAN per questo
opera. Questo ha lo scopo di memorizzare nella cache gli oggetti sul filesystem, per un accesso rapido. Il
la rappresentazione obj_storable potrebbe non essere portatile

testo_html
Un formato di output OBO html

godb_prestore
XML che mappa direttamente allo schema relazionale GODB (può quindi essere caricato utilizzando
stag-storenode.pl)

chadodb_prestore
XML che mappa direttamente allo schema relazionale Chado (può quindi essere caricato usando
stag-storenode.pl)

DOCUMENTAZIONE
<http://www.godatabase.org/dev>

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