Questo è il comando gt-chseqids che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici postazioni di lavoro online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
gt-chseqids - Modifica gli ID di sequenza in base alla mappatura fornita in un file di mappatura.
SINOSSI
gt chseqid [opzione ...] mapping_file [GFF3_file]
DESCRIZIONE
-ordinare [si|no]
ordina le funzionalità di GFF3 dopo aver modificato gli ID di sequenza (il consumo di memoria è
proporzionale alla dimensione del file di input) (predefinito: no)
-v [si|no]
essere prolisso (predefinito: no)
-o [Nome del file]
reindirizza l'output al file specificato (predefinito: non definito)
-gzip [si|no]
scrivi file di output compresso gzip (predefinito: no)
-bzip2 [si|no]
scrivere file di output compresso bzip2 (impostazione predefinita: no)
-vigore [si|no]
forza la scrittura nel file di output (impostazione predefinita: no)
-Aiuto
visualizza la guida ed esci
-versione
visualizza le informazioni sulla versione ed esci
Formato file per mapping_file:
Il file di mapping fornito definisce una tabella di mapping denominata "chseqids". Mappa il
voci della regione di sequenza date nel file GFF3 ad altri nomi. Può essere definito come
segue:
chseqid = {
chr1 = "seq1",
chr2 = "seq2"
}
Quando viene utilizzato questo esempio, tutti gli ID di sequenza "chr1" verranno modificati in "seq1" e all
ID di sequenza da "chr2" a "seq2".
REPORTING BUG
Segnala bug a[email protected]>.
Usa gt-chseqids online utilizzando i servizi onworks.net
