gt-ltrdigest - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

gt-ltrdigest - Identifica e annota le caratteristiche della sequenza in LTR retrotransposon
candidati.

SINOSSI

gt ldigest [opzione ...] gff3_file

DESCRIZIONE

-outfileprefisso [stringa]
prefisso per i file di output (es foo creerà file chiamati pippo_*.csv ed pippo_*.fas)
Omettere questa opzione solo per l'output GFF3.

-metadati [si|no]
metadati di output (condizioni di esecuzione) in un file separato (predefinito: sì)

-sequenza [APPREZZIAMO]
imposta la lunghezza massima dei nomi di sequenza nelle intestazioni FASTA (ad esempio per clustalw o simili
strumenti) (predefinito: 20)

-pplen [inizia a fine]
intervallo di lunghezza PPT richiesto (predefinito: [8..30])

-Uboxlen [inizia a fine]
Intervallo di lunghezza U-box richiesto (predefinito: [3..30])

-ubboxist [APPREZZIAMO]
intervallo di distanza U-box consentito da PPT (predefinito: 0)

-pptradio [APPREZZIAMO]
raggio intorno all'inizio di 3' LTR per cercare PPT (predefinito: 30)

-pptrprob [APPREZZIAMO]
probabilità di emissione di purine all'interno di PPT (predefinito: 0.970000)

-pptyprob [APPREZZIAMO]
probabilità di emissione di pirimidina all'interno di PPT (predefinito: 0.030000)

-pptgprob [APPREZZIAMO]
probabilità di emissione di fondo G al di fuori del PPT (predefinito: 0.250000)

-pptcprob [APPREZZIAMO]
probabilità di emissione di fondo C al di fuori del PPT (predefinito: 0.250000)

-pptaprob [APPREZZIAMO]
sfondo Una probabilità di emissione al di fuori del PPT (predefinito: 0.250000)

-ppttprob [APPREZZIAMO]
probabilità di emissione di fondo T al di fuori del PPT (predefinito: 0.250000)

-pptuprob [APPREZZIAMO]
Probabilità di emissione U/T all'interno dell'U-box (default: 0.910000)

-trnas [Nome del file]
Libreria tRNA in più formati FASTA per il rilevamento PBS Ometti questa opzione per disabilitare
Ricerca PBS.

-pbsalilene [inizia a fine]
intervallo di lunghezza dell'allineamento PBS/tRNA richiesto (predefinito: [11..30])

-pbsoffset [inizia a fine]
offset PBS consentito dall'intervallo limite LTR (predefinito: [0..5])

-pbstrnaoffset [inizia a fine]
intervallo di offset dell'allineamento finale PBS/tRNA 3' consentito (predefinito: [0..5])

-pbsmaxedist [APPREZZIAMO]
distanza di modifica dell'unità di allineamento PBS/tRNA massima consentita (impostazione predefinita: 1)

-pbsraggio [APPREZZIAMO]
raggio intorno alla fine di 5' LTR per cercare PBS (predefinito: 30)

-hmm
profilo modelli HMM per il rilevamento del dominio (separare da spazi, terminare con --) in HMMER3
format Omettere questa opzione per disabilitare la ricerca pHMM.

-pdomevalcutoff [APPREZZIAMO]
cutoff del valore E globale per valore predefinito di ricerca pHMM 1E-6

-pdomcutoff [...]
cutoff del punteggio specifico del modello scegliere da TC (trusted cutoff) | GA (raccolta limite) |
NESSUNO (nessun taglio) (predefinito: NESSUNO)

-aliout [si|no]
output pHMM per allineamenti di sequenze di amminoacidi (predefinito: no)

-aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa [si|no]
sequenze di amminoacidi in uscita per gli hit del dominio proteico (predefinito: no)

- tutte le catene [si|no]
funzioni di output da tutte le catene e funzioni non concatenate, etichettate con numeri di catena
(predefinito: no)

-maxgaplen [APPREZZIAMO]
dimensione massima del gap consentita tra i frammenti (in amminoacidi) quando si concatenano colpi pHMM
per un dominio proteico (predefinito: 50)

-force_recrea [si|no]
forza la ricreazione dei profili hmmpressed (default: no)

-pbsmatchscore [APPREZZIAMO]
punteggio di corrispondenza per allineamenti PBS/tRNA (predefinito: 5)

-pbspunteggio non corrispondente [APPREZZIAMO]
punteggio di mancata corrispondenza per allineamenti PBS/tRNA (predefinito: -10)

-pbsinsertcore [APPREZZIAMO]
punteggio di inserimento per allineamenti PBS/tRNA (predefinito: -20)

-pbscancellazione [APPREZZIAMO]
punteggio di eliminazione per allineamenti PBS/tRNA (predefinito: -20)

-v [si|no]
essere prolisso (predefinito: no)

-o [Nome del file]
reindirizza l'output al file specificato (predefinito: non definito)

-gzip [si|no]
scrivi file di output compresso gzip (predefinito: no)

-bzip2 [si|no]
scrivere file di output compresso bzip2 (impostazione predefinita: no)

-vigore [si|no]
forza la scrittura nel file di output (impostazione predefinita: no)

-fileseq [Nome del file]
imposta il file di sequenza da cui prendere le sequenze (default: undefined)

-ecc [Nome del file]
imposta il nome indice della sequenza codificata da cui prendere le sequenze (predefinito:
non definito)

-files
impostare i file di sequenza da cui estrarre le funzionalità da utilizzare -- per chiudere la lista
di file di sequenza

-matchdesc [si|no]
cercare le descrizioni della sequenza dai file di input per gli ID di sequenza desiderati (in
GFF3), riportando la prima corrispondenza (default: no)

-matchdescstart [si|no]
corrispondere esattamente alle descrizioni della sequenza dai file di input per la sequenza desiderata
ID (in GFF3) dall'inizio al primo spazio bianco (predefinito: no)

-usato [si|no]
utilizzare le descrizioni della sequenza per mappare gli ID della sequenza (in GFF3) alla sequenza effettiva
inserimenti. Se una descrizione contiene un intervallo di sequenza (ad es. III:1000001..2000000), il
la prima parte è usata come ID di sequenza (III) e la posizione del primo intervallo come offset
(1000001) (predefinito: no)

- mappatura delle regioni [stringa]
imposta il file contenente la regione della sequenza sulla mappatura del file della sequenza (predefinito: non definito)

-Aiuto
visualizza la guida per le opzioni di base ed esci

-aiuto+
visualizza la guida per tutte le opzioni ed esci

-versione
visualizza le informazioni sulla versione ed esci

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