hhconsensus - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

hhconsensus - calcola la sequenza di consenso per un file di input A3M/FASTA

SINOSSI

hhconsenso -i [Opzioni]

DESCRIZIONE

HHconsensus versione 2.0.16 (gennaio 2013) Calcola la sequenza di consenso per an
File di input A3M/FASTA. (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas
Hauser Remmert M, Biegert A, Hauser A e Soding J. HHblits: iterativo fulmineo
ricerca di sequenze proteiche mediante allineamento HMM-HMM. Naz. Metodi 9:173-175 (2011).

-i
allineamento della query (A2M, A3M o FASTA) o query HMM

Uscita opzioni:
-s
aggiungi la sequenza di consenso in FASTA (default= )

-o
scrivere l'allineamento con la sequenza di consenso in A3M

-oa3m
stesso

-oa2m
scrivere l'allineamento con la sequenza di consenso in A2M

-ofas
scrivere l'allineamento con la sequenza di consenso in FASTA

-v
modalità dettagliata: 0: nessun output dello schermo 1: solo avvertenze 2: verbose

Filtro ingresso allineamento (opzioni può be combinato):
-ID [0,100] identità massima della sequenza a coppie (%) (def=100)

-differenza [0,inf[ filtra l'insieme più diversificato di sequenze, mantenendo almeno questo

molte sequenze in ogni blocco di >50 colonne (def=0)

-cov [0,100] copertura minima con interrogazione (%) (def=0)

-qd [0,100] identità sequenza minima con query (%) (def=0)

-qsc [0,100] punteggio minimo per colonna con query (def=-20.0)

Ingresso allineamento formato:
-M a2m usa A2M/A3M (predefinito): maiuscolo = Corrispondenza; minuscolo = Inserisci; '-' = Elimina; '.' =
spazi allineati agli inserti (possono essere omessi)

-M prima di tutto
usa FASTA: le colonne con residuo nella prima sequenza sono stati di corrispondenza

-M ,
usa FASTA: le colonne con meno dell'X% di gap sono stati di corrispondenza

Altro opzioni:
-aggiungi aggiungere informazioni sulla struttura secondaria prevista da PSIPRED

Esempio: hhconsensus -i stdin -s stdout

Usa hhconsensus online utilizzando i servizi onworks.net